M.E.(cvs)-wetenschap

februari 23, 2018

Eukaryoten in de darm bij M.E.(cvs)

Filed under: Diagnostiek — mewetenschap @ 3:32 pm
Tags: , , , , ,

Enkele van de onderzoekers die onderstaande studie uitvoerden, rapporteerden eerder over een verminderde diversiteit en gewijzigde samenstelling van het darm-microbioom (geheel van microben/bakterieën) bij M.E.(cvs) – zie Giloteaux L et al. Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in individuals with Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Microbiome (2016) 4: 30. Daar kondigden ze aan dat ze ook willen kijken naar virussen en schimmels in de darm, om te bekijken of één of een combinatie van meerdere, samen met bakterieën, de ziekte kunnen veroorzaken of er toe bijdragen. Hier melden ze nu dat ze een kleine vermindering vonden van de diversiteit van eukaryoten (cellen met een echte kern die het DNA bevat en door een membraan omlijnd is – prokaryoten = bakterieën) – schimmels en andere ééncelligen – maar dat ze geen specifieke konden identificeren die geassocieerd zijn met M.E.(cvs)…

————————-

PeerJ (2018) 6: e4282

Eukaryotes in the gut microbiota in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome

Mandarano AH1, Giloteaux L1, Keller BA2, Levine SM1, Hanson MR1

1 Department of Molecular Biology & Genetics, Cornell University, Ithaca, NY, United States of America

2 Department of Exercise & Sport Sciences, Ithaca College, Ithaca, NY, United States of America

Samenvatting

Patiënten met Myalgische Encefalomyelitis/ Chronische Vermoeidheid Syndroom (M.E./CVS) lijden dikwijls onder gastro-intestinale symptomen velen krijgen de diagnose prikkelbare darm syndroom (IBS). Eerdere studies, ook door ons laboratorium uitgevoerd, hebben aangetoond dat de bakteriële samenstelling in de darm bij M.E./CVS veranderd is en minder divers in vergelijking met gezonde individuen. Patiënten vertonen verhoogde biomerkers voor inflammatie en lekke-darm syndroom. Om de dysbiose [dysbakteriose; microbieel onevenwicht] verder te onderzoeken in het M.E./CVS darm-microbioom, onderzochten we de eukaryoten aanwezig in de darm van 49 individuen met M.E./CVS en 39 gezonde controles karakteriseren. D.m.v. 18S rRNA sequentie-bepaling, hebben we eukaryoten geïdentificeerd in stoelgang-stalen van 17 gezonde individuen en 17 M.E./CVS-patiënten. Onze analyse toont een kleine, niet-significante daling aan qua eukaryote diversiteit bij M.E./CVS-patiënten t.o.v. gezonde individuen. Daarnaast vertonen M.E./CVS-patiënten een niet-significante toename van de verhouding van de schimmel-stammen Basidiomycota/Ascomycota, wat consistent is met aanhoudende inflammatie in M.E./CVS. We konden geen specifieke eukaryote taxa [taxonomische groepen; organismen die samen een éénheid vormen] identificeren die geassocieerd zijn met M.E./CVS.

INLEIDING

[…]

In een onderzoek omtrent het darm-microbioom bij het M.E./CVS, gebuikte ons laboratorium 16S ribosomaal RNA sequentie-bepaling om een afname van de algemene diversiteit van darm-prokaryoten aan te tonen bij patiënten met M.E./CVS t.o.v. gezonde controles [zie onze inleiding: Giloteaux et al. (2016)]. De patiënten vertoonden verminderde aanwezigheid van meerdere anti-inflammatoire soorten en verhoogd voorkomen van meerdere pro-inflammatoire soorten bakterieën. Specifiek: soorten behorend tot de [bakterie-stam] Firmicutes bleken gereduceerd en de Proteobacteria waren toegenomen bij M.E./CVS-patiënten. Bepalingen van bloed-merkers voor inflammatie onthulden significant gestegen lipopolysaccharide (LPS), LPS-bindend proteïne (LBP) en oplosbaar CD14 (sCD14). Eerdere studies van de M.E./CVS darm-microbiota die zowel culturen en ‘high-throughput’ sequentie-bepaling methodes gebruikten, hebben verschillen getoond qua bakteriële samenstelling tussen patiënten en gezonde controles [o.a. Armstrong CW, McGregor NR, Butt HL et al. The association of fecal microbiota and fecal, blood serum and urine metabolites in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Metabolomics (2017) 13: 8 /// Navaneetharaja et al. A role for the intestinal microbiota and virome in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome (ME/CFS)? Journal of Clinical Medicine (2016) 5: 55 /// Shukla et al. Changes in gut and plasma microbiome following exercise challenge in myalgic encephalomyelitis/chronic fatigue syndrome (ME/CFS) PLoS ONE (2015) 10: e0145543]. Bewijs voor verhoogde darm-doorlaatbaarheid correlerend met inflammatoire merkers en gastro-intestinaal ongemak werd ook al aangetoond bij M.E./CVS-patiënten via IgA- en IgM-responsen op LPS [Maes M et al.]. Werk door top M.E./CVS klinici [Nagy-Szakal D et al. Fecal metagenomic profiles in subgroups of patients with Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Microbiome (2017) 5: 44] identificeerde verder verschillen qua bakteriële samenstelling in de darm bij patiënten met M.E./CVS met en zonder IBS vergeleken met gezonde controles. Meerdere studies hebben bakterie-therapie of behandeling met orale probiotica gedocumenteerd als verlichtend voor M.E./CVS-symptomen of hebben symptomen gelinkt met bakteriële samenstelling [o.a. Borody TJ et al. The GI microbiome and its role in Chronic Fatigue Syndrome: a summary of bacteriotherapy. Journal of the Australasian College of Nutritional and Environmental Medicine (2012) 31: 3-8 /// Rao et al. A randomized, double-blind, placebo-controlled pilot study of a probiotic in emotional symptoms of Chronic Fatigue Syndrome. Gut Pathogens (2009) 1: 6 (zie ‘Effekt van supplementering met melkzuur-producerende bakterieën bij CVS’) /// Wallis A, Butt H et al. Support for the microgenderome: associations in a human clinical population. Scientific Reports (2016) 6: 19171].

Aangezien de significante rol van het darm-microbioom voor de gezondheid duidelijker is geworden, heeft de meeste research zich gefocust op prokaryote darm-‘bewoners’. De darm-microbiota bestaan echter ook uit populaties van eukaryoten en virussen. Eukaryoten in de darm omvatten protozoa [ééncellige micro-organismen met o.a. amoeben, zweepdiertjes, enz.] en schimmels, die commensaal [onschadelijk voor het gastheer-organisme] of pathogeen kunnen zijn. Blastocystis bv., historisch gelinkt met meerdere ziekten, staat bekend aanwezig te zijn bij mensen. Eukaryoten interageren met de prokaryoten aanwezig in de darm en de prokaryote samenstelling kan de pathogeniteit van eukaryoten beïnvloeden. In sommige gevallen zijn darm-eukaryoten enkel pathogeen wanneer het immuunsysteem aangetast is. Eukaryoten in de darmen vertonen beperkte gelijkenissen bij gezonde individuen.

Wijzigingen qua darm-eukaryoten werden gelinkt met auto-immuun ziekten, obesitas, allergieën, inflammatoire darm-ziekten (IBD) en diabetes. Bij IBD is er bewijs voor verhoogde antilichamen tegen Saccharomyces cerevisiae [in de volksmond bier- of bakkers-gist] en eukaryote dysbiose, wat werd gelinkt met inflammatie. Pathogeniteit van het protozoön Entamoeba hystolytica wordt beïnvloed door inflammatie, en protozoa-infekties kunnen ook de afgifte induceren van IgE en inflammatoire cytokinen.

M.E./CVS bleek gelinkt met een mogelijk eukaryoot pathogeen. In het bijzonder: giardiase [darm-infektie veroorzaakt door de parasiet Giardia lamblia] bleek geïmpliceerd met uitbraken van M.E./CVS in Nieuw-Zeeland in 1984 en Californië in 1985. Na een uitbraak van giardiase in Noorwegen in 2004, ontwikkelden minstens 5% van de geïnfekteerden met M.E./CVS [Naess et al. Chronic Fatigue Syndrome after Giardia enteritis: clinical characteristics, disability and long-term sickness absence. BMC Gastroenterology (2012) 12: 13]. Er werd een link tussen M.E./CVS en een protozoale infektie zoals Blastocystis of Dientamoeba gesuggereerd. Een onderzoek naar Candida albicans in stoelgang-stalen vond verhoogde aanwezigheid bij M.E./CVS-patiënten tijdens de acute fase van de ziekte versus remissie [Evengard et al. Increased number of Candida albicans in the faecal microflora of Chronic Fatigue Syndrome patients during the acute phase of illness. Scandinavian Journal of Gastroenterology (2007) 42: 1514-1515]. Een studie op basis van cultuur-methoden onderzocht de totale gist aanwezigheid in stoelgang-stalen bij M.E./CVS en vond een niet-significante afname in vergelijking met gezonde individuen [Armstrong CW, McGregor NR, Butt HL et al. The association of fecal microbiota and fecal, blood serum and urine metabolites in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Metabolomics (2017) 13: 8]

Studies van eukaryoten in de darm bleven beperkt, gedeeltelijk door de beschikbare methodes en databases. Eukaryoten kunnen worden geïdentificeerd via de variabele gebieden van hun 18S-rRNA gen [18S ribosomaal RNA] net zoals prokaryoten kunnen worden geïdentificeerd door 16S sequentie-bepaling [16S ribosomaal RNA; onderdeel van ribosomen (plaatsen waar de proteïne-synthese geschiedt); de genen die er voor coderen worden gebruikt om evolutie en verwantschap van organismen te bestuderen, omwille van de trage (genetische) evolutie in dit gebied]. Op basis van eerdere bevindingen van dysbiose en inflammatie bij M.E./CVS, poneerden we hypothese dat de eukaryote gemeenschap in de darm gewijzigd zou kunnen zijn bij M.E./CVS, en bijkomende aanwijzingen zou kunnen bieden en potentiële diagnostische merkers voor deze ziekte. Om de samenstelling van darm-eukaryoten te karakteriseren en een mogelijke link tussen darm-eukaryoten en M.E./CVS te onderzoeken, wilden we de eukaryoten identificeren aanwezig in de darm van M.E./CVS-patiënten en gezonde individuen. Om dit te bewerkstelligen, gingen we over tot amplificatie en sequentie-bepaling van het V9-gebied [één van de hyper-variable gebieden] van het 18S-rRNA gen bij patiënten en gezonde controles, en analyseerden we de resultaten wat betreft verschillen qua taxa en diversiteit.

MATERIALEN & METHODES

Individuen en verzameling van stalen

[…] Fukuda criteria […]. Stoelgang-stalen werden thuis verzameld en gekoeld bewaard […].

DNA-extractie & 18S amplificatie

[…]

Sequentie-analyse

[…]

Analyse van de veelheid aan taxa

[…]

Diversiteit-vergelijkingen

[…]

RESULTATEN

Populatie

DNA-extractie uit stoelgang van 49 M.E./CVS-patiënten en 39 gezonde individuen. Na amplificatie van het 18S rRNA gen, sequentie-bepaling en verwerking, gingen we over tot identificatie van eukaryote sequenties bij 17 patiënten met M.E./CVS en 17 gezonde individuen voor verdere analyse. Bij de gezonden waren 16 vrouwen en 1 man, terwijl er bij de M.E./CVS-populatie 13 vrouwen en 4 mannen waren. De gemiddelde leeftijd was gelijkaardig […]. De BMI was bijna identiek […]. 11 van de 17 M.E./CVS-patiënten meldde gastro-intestinale symptomen (6 op 17 bij de gezonde individuen). ‘Bell Disability Scale’ [ook ‘CFIDS disability scale’ genaamd; een symptoom-schaal gecreëerd door dokter David Bell] scores van 15 patiënten lagen tussen 10 & 50 (op 100).

Resultaten van de sequentie-bepaling en keuze van de ‘Operational Taxonomic Units’ (OTUs)

[‘OTU’ refereert naar clusters van organismen gegroepeerd op basis van DNA-sequentie gelijkenis van een specifiek merker-gen]

[…]

Geïdentificeerde taxa

Gemiddeld waren de schimmels de meest voorkomende taxa in onze populatie (32,1%). Binnen de schimmels kwam het fylum [bakteriële stam] Ascomycota het meest voor (17,3%), gevolgd door Basidiomycota (13,3%) & Zygomycota (0,9%). Gemiddeld 0,7% waren schimmels van een ander fylum of bleken niet klassificeerbaar (gegroepeerd als ‘andere schimmels’). Een klein aan OTUs werd geklassificeerd als Stramenopiles (6,6%) en 1 M.E./CVS-patient droeg 0,8% Excavata. Gemiddeld 61,4% van de OTUs per individu bleef ongeklassificeerd op elk niveau (‘onbekend’). […]

[verdere onderverdeling beschikbaar]

Specifieke darm-eukaryoten taxa bij M.E./CVS-patiënten zijn niet significant verschillend van gezonde controles

We gebruikten de volledige data-set voor vergelijking van het voorkomen van de taxa. Een taxum werd echter pas beschouwd als aanwezig in een individueel staal als het werd vertegenwoordigd door min. 5 OTUs […]. De samenstelling van de eukaryote micro-organismen was relatief uniek per individu. Desondanks droegen (onder de geïdentificeerde OTUs) de meeste individuen een meerderheid van schimmel-soorten. Verschillen qua hoeveelheden specifieke eukaryoten tussen M.E./CVS-individuen en gezonde individuen bleken niet statistisch significant op elk taxonomisch niveau.

Globaal gezien hadden de gezonde controles ietsje minder schimmels t.o.v. de M.E./CVS-patiënten (30,6% vs. 33,6%). Op fylum-niveau waren er minder Ascomycota bij de M.E./CVS-patiënten (22,6% vs 11,9%). Dit werd weerspiegeld in een corresponderende toename van het schimmel-fylum Basidiomycota bij de M.E./CVS-patiënten (7,8% vs. 18,7%). Er was daarom een niet-significante toename van de verhouding Basidiomycota op Ascomycota bij de patiënten (0,3 vs. 1,6). Het schimmel-fylum Zygomycota was ook verhoogd bij M.E./CVS (0% vs. 1.8%) maar dit werd voornamelijk bepaald door slechts 2 patiënten. Op dezelfde manier was een toename qua Stramenopiles van 0,2% (controles) naar 12,9% (M.E./CVS) voornamelijk te wijten aan meer Blastocystis bij 2 patiënten. Eén M.E./CVS-patient had een klein deel (0,8%) Excavata (geklassificeerd bij de orde Neobodonida).

Binnen de Ascomycota lag het overwegend verschil op orde-niveau: de relatieve hoeveelheid Saccharomycetales was gedaald bij de M.E./CVS-patiënten (22,5% vs. 11%). Binnen de Basidiomycota droeg een aantal stijgingen qua relatieve hoeveelheid toe tot de globale hogere hoeveelheid. De hoeveelheid van de klasse Agaricomycetes was gestegen bij de M.E./CVS-patiënten (6,9% vs. 15,3%). Dit omvatte toenames van de ordes Agaricales (0,5% vs. 6%), Boletales (0% vs. 6%) & Polyporales (0% to 0,14%). De Basidiomycota klasse Tremellomycetes was ook verhoogd bij M.E./CVS-patiënten, globaal genomen (0,3% vs. 2,6%). Dit was te wijten aan de onbekende Tremellomycetes (0,0% vs. 2,5%) & Cystofilobasidiales (0% to 0,08%). Interessant is dat een klein deel van de OTUs geïdentificeerd werden als Tremellales bij gezonde individuen (0,3%) maar er werden er geen geïdentificeerd bij de M.E./CVS-patiënten. M.E./CVS-patiënten hadden ook meer Malasseziales (0,2% vs. 0,9%) maar deze orde werd enkel vastgesteld bij 1 gezond individu en 1 M.E./CVS-patient. De Basidiomycota ordes Sporidiobolales & Ustilaginales waren enkel aanwezig bij gezonde controles en dit in zeer geringe hoeveelheden (0,1% & 0,2% respectievelijk). In beide gevallen werden deze lage hoeveelheden bepaald door één enkel individu. De toename qua Zygomycota bij M.E./CVS-patiënten was te wijten aan lichte stijgingen Entomophthorales (0% vs 0,1%) & Mucorales (0% vs. 1,7%), te wijten aan telkens één enkele patient.

Naast een toename qua Blastocystis hadden M.E./CVS-patiënten een hogere gemiddelde hoeveelheid van de Stramenopile ordes Pleurosigma (0,1% vs. 0,2%), Eustigmatales (0% vs. 1,2%) & Peronosporales (0,1% vs. 1,7%). Ten slotte hadden M.E./CVS-patiënten lagere gemiddeldes van onbekende OTUs. […]

Darm eukaryote diversiteit bij M.E.//CVS verschilt niet van gezonde controles

Om de diversiteit bij M.E./CVS-patiënten te evalueren in vergelijking met gezonde individuen, maakten we gebruik van berekeningen van de alfa- & beta-diversiteit [aantal taxa binnen één enkel microbieel ecosysteem: hoeveel verschillende soorten worden er in een staal gedetekteerd? (alfa) – diversiteit in een gemeenschap van micro-organismen over verschillende omgevingen; verschil in taxonomische veelheid tussen verschillende stalen: hoe verschillend is de samenstelling van één staal tot een ander? (beta)]. Dit liet ons toe 11 M.E./CVS-patiënten en 10 gezonde controles voor de analyse op te nemen. De karakteristieken van deze subpopulaties waren gelijkaardig aan die van de ganse populatie. De 10 gezonde individuen hadden een gemiddelde leeftijd van 43,6 ± 13,6 en een gemiddelde BMI van 27,7 ± 5,2; terwijl de 11 M.E./CVS-patiënten een gemiddelde leeftijd van 54 ± 11,6 en een gemiddelde BMI van 26,2 ± 4,9 hadden. Er waren 9 vrouwen en 1 man bij de gezonde controle groep, en 7 vrouwen en 4 mannen and in de patiënten-groep. Slecht 3 gezonde individuen rapporteerden gastro-intestinale symptomen, t.o.v. 8 M.E./CVS-patiënten.

[…] Hoewel er een kleine afname qua fylogenetische diversiteit (controles 6,7 ± 2,1 vs. M.E./CVS-patiënten 6,0 ± 2,4), was , bleek deze niet statistisch significant (p = 0.58). We berekenden ook op meerdere andere manieren de diversiteit, en het aantal geobserveerde soorten [controles 18,1 + 6,9 vs. M.E./CVS-patiënten 14,1 + 7,8 (p = 0.25)]. Opnieuw bleken deze waarden niet statistisch significant verschillend voor alfa-diversiteit, ondanks de consistent lagere gemiddelde waarden bij M.E./CVS-patiënten t.o.v. gezonde controles.

We evalueerden ook de beta-diversiteit in onze populatie. […]. Geen enkele berekening onthulde clustering van individuen op basis van ziekte, of op basis van de bijkomende variabelen (gegevens niet getoond).

BESPREKING

Vergeleken met studies over prokaryoten in het menselijk darm-microbioom, zijn de studies aangaande eukaryoten in de darm beperkt. Veel van de rapporten over darm-eukaryoten gebruiken andere methodes dan ‘high throughput’ sequentie-bepaling. Ons doel was de karakterisatie van eukaryoten in de darm van M.E./CVS-patiënten die eerder waren getest qua bakteriële samenstelling, en de eukaryote diversiteit en samenstelling vergelijken met gezonde individuen. Veel van de in onze populatie geobserveerde taxa werden in eerdere studies geïdentificeerd in de darm en in sommige gevallen waren ze geassocieerd met ziekte.

Schimmels behorend tot de Ascomycota, Basidiomycota & Zygomycota fyla werden eerder in de darm geobserveerd. Saccharomycetales zijn courant geïdentificeerde Ascomycota in de menselijke darm en werden ook in onze populatie gezien. Malessiziales, leden van de Basidiomycota, waren aanwezig bij 1 gezonde controle en 1 M.E./CVS-patient, en werden eerdere gevonden in faeces-stalen en geassocieerd met IBD. Mucorales, leden van de Zygomycota, worden courant geïdentificeerd en kunnen infekties bij mensen veroorzaken, bijzonderlijk wanneer het immuunsysteem gecompromitteerd is. We identificeerden Mucorales bij 1 M.E./CVS-patient, maar waren niet in staat deze OTU verder te klassificeren. Een andere Zygomycota orde, Entomophthorales, was aanwezig in lage hoeveelheden bij 1 M.E./CVS-patient, die melding maakte van gastro-intestinale symptomen. Soorten van de Entomophthorales zijn ook in staat infekties bij mensen te veroorzaken.

Er wordt gedacht dat Blastocystis de voornaamste, zo niet de enige, Stramenopile aanwezig zijn in de menselijke darm. We zagen Blastocystis bij 3 M.E./CVS-patiënten, en deze omvatten de meerderheid van de OTUs in 2 van deze patiënten. Deze relatief lage incidentie van Blastocystis is verrassend in vergelijking met andere studies van menselijke darm-eukaryoten. Interessant is dat alle 3 de M.E./CVS-patiënten met detekteerbare Blastocystis gastro-intestinale symptome meldden.

De uitdagingen geassocieerd met de karakterisatie van eukaryoten in het menselijk darm-microbioom omvatten hun geringe aanwezigheid en diversiteit, alsook de invloed van gastheer- en dieet-DNA. DNA behorend tot eukaryote micro-organismen is slechts een beperkte component van dat het totaal geïsoleerd uit faeces-stalen, wat het aantal eukaryote ‘reads’ [een ‘read’ is het resultaat van een sequentie-bepaling (volgorde van de base-paren of nucletioden)] van hoge kwaliteit beperkt. Hoewel de door ons geconsulteerde database het mogelijk maakt eukaryoten te identificeren gebaseerd op de 18S rRNA hyper-variable gebieden, suggereert het gebrek aan identificatie van de ‘reads’ in onze studie dat 18S databases nog onvolledig zijn. Diepgaande klassificatie kan onmogelijk blijken, bij het gebruik van het 18S rRNA gen – bijzonderlijk voor schimmels. Om die reden kan sequentie-bepaling van de interne ‘spacers’, die worden gevonden tussen eukaryote rRNA genen in, voordelig zijn ter verbetering van de identificatie van schimmels tot op het niveau van de soort. Eukaryote identificatie is ook een uitdaging omwille van de veranderende en complexe taxonomische klassificatie-systemen.

Eerdere studies van menselijke darm eukaryoten stootten op gelijkaardige moeilijkheden. Onderzoekers rapporteerden lage sequentie-veelheid, maar toonden ook dat een ‘sequence-depth’ [het aantal ‘reads’ dat een bepaald nucleotide bevat] van 150 sequenties van het 18S rRNA gen toereikend was om maximale diversiteit in menselijke faeces-stalen te bereiken. Verder toonden ze een brede waaier aan unieke eukaryote gemeenschappen van het ene individu naar het andere. Dit droeg waarschijnlijk bij tot de verschillen in rapporten van menselijke darm-eukaryoten en maakt vergelijkingen van de veelheid aan taxa tussen groepen individuen een uitdaging.

Het fylum Basidiomycota wordt beïnvloed door dieet, aangezien het eetbare paddenstoelen omvat binnen de orde Agaricales, die courant werden geïdentificeerd bij onze individuen. Ook de hoeveelheden Saccharomycetales kunnen beïnvloed worden door het dieet. Hoewel onze gegevens een hoog niveau Saccharomycetales tonen, zoals eerder al werd getoond, zagen we geen grote hoeveelheden Candida soorten binnen deze orde (gegevens niet getoond). Dit kan te wijten zijn aan een onvermogen om vele van de Saccharomycetales verder dan op orde-niveau te klassificeren, alsook aan de moeilijkheid om Saccharomyces en Candida van elkaar te onderscheiden. We zagen weinig Blastocystis in onze gegevens-set, wat een courant commensaal organisme in de menselijke darm is, en we identificeerden geen Dientamoeba of Nematodes die anderen hebben gevonden. Deze limieten kunnen te wijten zijn aan de gebruikte primers of de DNA-extractie methode, die misschien niet in staat was bepaalde cellen of sporen te lyseren.

Interessant: we observeerden een verschuiving qua relatieve hoeveelheden Ascomycota en Basidiomycota maar deze veranderingen waren niet statistisch significant. Ascomycota en Basidiomycota bleken eerder al omgekeerd met elkaar gecorreleerd. Dit is consistent met onze resultaten, in de zin dat M.E./CVS-patiënten afgenomen Ascomycota en toegenomen Basidiomycota vertonen. Verder toonden onderzoekers aan dat de verhouding Basidiomycota op Ascomycota statistisch significant toegenomen was in patiënten met IBD tijdens opstoten, maar terugkeerde naar waarden die worden gezien bij gezonde controles wanneer patiënten in remissie gingen; wat een link suggereert tussen deze verhouding en inflammatie. Een bijkomende studie met patiënten met de ziekte van Crohn onthulde ook toegenomen Basidiomycota en afgenomen Ascomycota in vergelijking met gezonde individuen. Zodoende is stijging van deze verhouding bij M.E./CVS versus gezonde individuen consistent met een inflammatoire toestand bij de patiënten. We kunnen echter de invloed van een verschillend dieet op deze verhoudingen niet uitsluiten.

Aangezien we eerder een daling qua prokaryote diversiteit en bakteriële dysbiose bij M.E./CVS-patiënten hebben getoond, zouden we significante wijzigingen qua diversiteit en eukaryote hoeveelheden bij de patiënten [zie Giloteaux et al. hierboven] kunnen hebben verwacht. Hoewel niet significant, toonden we een kleine afname qua eukaryote diversiteit bij M.E./CVS-patiënten vergeleken met gezonde controles aan. Eukaryoten in het darm-microbioom bleken te correleren met prokaryoten. Correlaties tussen bakteriële en eukaryote diversiteit in de darm zijn inconsistent, net zoals rapporten over veranderingen qua eukaryote diversiteit bij inflammatoire ziekte. Toegenomen diversiteit van eukaryoten bleek geassocieerd bij Crohn’s in 2 afzonderlijke studies. Omgekeerd: er werd gedaalde schimmel-diversiteit aangetoond bij patiënten met ulceratieve colitis [pathologische intestinale aandoening] vergeleken met gezonde individuen of patiënten in remissie. Ook werd getoond dat pediatrische patiënten met IBD verminderde schimmel-diversiteit vertonen.

BESLUITEN

Onze resultaten tonen aan dat de M.E./CVS darm-eukaryote samenstelling consistent is met een inflammatoire toestand. Onder de eukaryoten die we identificeerden, was er niet één specifieke darm-eukaryoot geassocieerd met M.E./CVS. M.E./CVS-patiënten vertoonden echter een gestegen verhouding van gemiddelde hoeveelheden Basidiomycota op Ascomycota, wat eerder werd gelinkt met inflammatie bij IBD. Bijkomend: M.E./CVS-patiënten hadden een niet-significante daling qua darm-eukaryote diversiteit. Onze studie toont de uitdaging betreffende het vergelijken van eukaryote microbiota tussen een patiënten- en controle-groep omwille van moeilijkheden omtrent extractie van of nucleïnezuur en identificatie van sequenties, de invloed van externe factoren zoals dieet, alsook de grote individuele variatie tussen eukaryote taxonomische eenheden aan, zelfs binnen een groep. Ondanks deze uitdagingen, hebben bevindingen de rol van eukaryoten in het darm-ecosysteem, ook bij ziekte, benadrukt. Gezien het eerder bewijsmateriaal dat een link suggereert tussen M.E./CVS en pathogene eukaryoten, is karakterisatie van darm-eukaryoten bij of M.E./CVS-patiënten en gezonde controles waardevol, zelfs al had de populatie een beperkte grootte. Onze gegevens zijn consistent met de inflammatoire toestand in de darm die in eerdere studies over het M.E./CVS bakterieel microbioom werd gedocumenteerd. Een belangrijke kwestie bij toekomstige research is bepalen wat inflammatie bij M.E./CVS veroorzaakt.

Advertenties

mei 25, 2017

Metagenomische profielen in stoelgang bij subgroepen M.E.(cvs)-patiënten

Filed under: Diagnostiek — mewetenschap @ 6:05 am
Tags: , , , , , , ,

In een persbericht beklemtoonden de eerste auteur van onderstaande studie: “Individuen met M.E./CVS hebben een aparte mix van darm-bakterieën en gerelateerde metabole stoornissen die de ernst van hun ziekte kunnen beïnvloeden.” en “De analyse suggereert dat we in staat zouden moet zijn patiënten met M.E./CVS te subtyperen via het analyseren van het microbioom in hun stoelgang.”. Dr Ian Lipkin (autoriteit omtrent het gebruik van molekulaire methodes voor pathogeen-ontdekking) voegde er aan toe: “Wellicht zoals bij IBS (irritable bowel syndrome’, prikkelbare darm syndroom), kan bij M.E./CVS een verstoring in de communicatie tussen de hersenen en de darmen (gemedieerd door bakterieën, hun metabolieten en de molekulen die ze beïnvloeden) betrokken zijn. Door de specifieke bakterieën te identificeren, komen we een stap dichter bij meer accurate diagnose en doelgerichte therapieën.”.

Alle darm-studies bij M.E.(cvs) gebruikten tot nu toe zgn. 16S rRNA sequentie-bepaling om het microbioom te analyseren. Deze methode focust op een deeltje van het bakterieel genoom (het 16S ribosomaal RNA) en omdat 97% gelijkaardig zijn, zullen er bij zowat 40% van de bakterie-geslachten sequenties zijn die niet goed te onderscheiden zijn; ‘Characterization of the Gut Microbiome Using 16S or Shotgun Metagenomics’ in Front Microbiol. (2016) 20: 459). De 16S rRNA methodiek geeft ook tegenstrijdige resultaten, waardoor de resultaten kunnen variëren. De studies zijn daarom niet waardeloos (ze geven een idee over de betrokken bakterie-soorten) maar ze kunnen niet differentiëren tussen sommige nuttige en schadelijke soorten in een geslacht; ze zijn niet specifiek genoeg. Dr Lipkin gebruikte de (duurdere maar veel preciezere) methode genaamd ‘shotgun’ metagenomische sequentie-bepaling (analyse van het totale metagenoom d.m.v. onbeperkte sequentie-bepaling van het genoom van alle micro-organismen aanwezig in een staal en bio-informatische aanpak van de gegevens) dat het ganse genoom analyseert. In een interview zei hij dat hij overtuigd was dat de in de studie geïdentificeerde soorten correct zijn.

De resultaten komen omstandig aan bod in onderstaand stuk. De aanwezigheid van prikkelbare darm syndroom bij de M.E.(cvs)-patiënten zorgde voor verschillen. De resultaten lijken te suggereren dat M.E.(cvs)-patiënten mét IBS minder ‘goede bakterieën’ in hun darm hebben. Dit zou kunnen leiden tot inflammatie en zgn. ‘lekkende darm’ waardoor bakterieën in het bloed komen en een immuun-respons triggeren. Of IBS leidt tot M.E.(cvs) of er een gevolg van is, is nog onduidelijk.

Dat darm-bakterieën ons metabolisme beïnvloeden is geweten. Daarom bepaalden de researchers ook welke effekten de verschillen zouden kunnen hebben om de werking van het metabolisme. Analyse gaf aan dat verschillende metabole mechanismen naar voor kwamen in de verschillende groepen. Er zijn belangrijke overéénkomsten qua (door bakterieën geaktiveerde) metabole mechanismen bij M.E.(cvs)-patiënten mét en zonder IBS, maar ook belangrijke verschillen. Problemen met de aanmaak van ATP en de ureum-cyclus blijken meer geassocieerd met M.E.(cvs) mét IBS; problemen met het vetzuren-metabolisme zijn gemeenschappelijk voor alle M.E.(cvs)-patiënten.

Verrassend was dat de gevonden bakteriële verschillen niet gelinkt bleken te zijn met veranderingen qua cytokinen. Lipkin zei dat dit wellicht was omdat er weinig patiënten in de studie zaten die nog maar kort M.E.(cvs) hadden (deze met een ge-upreguleerd immuunsysteem) om verschillen qua immuniteit op te pikken. Een groter patiënten-staal had er misschien voor gezorgd dat dit wel werd gedetekteerd.

De verschillen qua bakterie-soorten leken ook een effekt te hebben op de symptomen.

Het onderzoek-team omvatte top-klinici wat betreft M.E.(cvs) die ervoor zorgden dat de diagnose rigoureus werd gesteld: Nancy Klimas, Dan Peterson, Jose Montoya, Lucinda Bateman & Susan Levine. Professor Anthony Komaroff (Harvard Medical School) maakte er ook deel van uit. Ondersteuning van het onderzoek kwam van het ‘Chronic Fatigue Initiative’ van de ‘Hutchins Family Foundation’, de ‘National Institutes of Health Centre for Research in Diagnostics and Discovery’ en via crowdfunding van het ‘Microbe Discovery Project’.

Naar behandeling toe zou men kunnen denken in de richting van pre- & pro-biotica, immuno-modulerende medicijnen en/of stoelgang-transplantatie; maar één unieke behandeling voor alle patiënten lijkt ons geen optie. Zowiezo zullen er (gerepliceerde) klinische testen moeten aan voorafgaan…

Lees ook nog: ‘Microbioom sekse-verschillen bij M.E.(cvs)’.

————————-

Microbiome (2017) 5: 44

Fecal metagenomic profiles in subgroups of patients with Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome

Nagy-Szakal D (1), Williams BL (1), Mishra N (1), Che X (1), Lee B (1), Bateman L (2), Klimas NG (3,4), Komaroff AL (5), Levine S (6), Montoya JG (7), Peterson DL (8), Ramanan D (9), Jain K (1), Eddy ML (1), Hornig M (1), Lipkin WI (10)

1 Centre for Infection and Immunity, Columbia University Mailman School of Public Health, New York, NY, 10032, USA

2 Fatigue Consultation Clinic, Salt Lake City, UT, 84102, USA

3 Institute for Neuro-Immune Medicine, College of Osteopathic Medicine, Nova Southeastern University, Fort Lauderdale, FL, 33314, USA

4 Miami VA Medical Centre, Miami, FL, 33125, USA

5 Brigham and Women’s Hospital, Harvard Medical School, Boston, MA, 02115, USA

6 Levine Clinic, New York, NY, 10021, USA

7 Stanford University, Palo Alto, CA, 94305, USA

8 Sierra Internal Medicine at Incline Village, Incline Village, NV, 89451, USA

9 Ayasdi, Inc., Menlo Park, CA, 94025, USA

10 Centre for Infection and Immunity, Columbia University Mailman School of Public Health, New York, NY, USA

Samenvatting

ACHTERGROND: Myalgische Encefalomyelitis/ Chronische Vermoeidheid Syndroom (M.E./CVS) wordt gekenmerkt door onverklaarde persistente vermoeidheid, die gewoonlijk vergezeld wordt door cognitieve dysfunktie, slaap-stoornissen, orthostatische intolerantie, koorts, lymfadenopathie en prikkelbare darm syndroom (IBS). De mate waarop het gastro-intestinaal microbioom en perifere inflammatie geassocieerd zijn M.E./CVS blijft onduidelijk. We betrachten een rigoureuze klinische karakerisatie, faecale bakteriële metagenomica en analyse van immuun-molekulen in het plasma bij 50 M.E./CVS-patiënten en 50 gezonde controles gematcht voor leeftijd, geslacht, ras/ethniciteit, geografische lokatie en seizoen waarin de staalname gebeurde.

RESULTATEN: Topologische analyse onthulde associaties tussen IBS co-morbiditeit, body-mass-index, faecale bakteriële samenstelling en bakteriële metabole mechanismen maar niet met plasma immuun-molekulen. IBS co-morbiditeit was de sterkste bepalende factor voor het afzonderen van topologische netwerken gebaseerd op bakteriële profielen en metabole mechanismen. Voorspellende selektie-modellen gebaseerd op bakteriële profielen ondersteunden de bevindingen van topologische analyses die er op wijzen dat M.E./CVS-subgroepen, gedefinieerd op basis van IBS-status, kunnen worden onderscheiden van controle-individuen met een hoge voorspellende accuraatheid. Bakteriële taxa [taxonomische groepen; organismen die samen een éénheid vormen] die M.E./CVS-patiënten met IBS voorspellen, waren verschillend van taxa geassocieerd met M.E./CVS-patiënten zonder IBS. Verhoogde aantallen ongeklassificeerde Alistipes en verlaagde Faecalibacterium doken op als de top biomerkers van M.E./CVS met IBS; terwijl verhoogde aantallen ongeklassificeerde Bacteroides en verlaagde Bacteroides vulgatus de top biomerkers van M.E./CVS zonder IBS waren. Ondanks het vinden van verschillen qua bakteriële taxa en metabole mechanismen die M.E./CVS-subgroepen definiëren, bleken metabole mechanismen geassocieerd met biosynthese van onverzadigde vetzuren en verhoogde atrazine [onkruid-verdelgingsmiddel] -afbraak mechanismen onafhankelijk van IBS co-morbiditeit. Verhoogde vitamine-B6 biosynthese/hergebruik en pyrimidine-ribonucleoside afbraak waren de top metabole mechanismen bij M.E./CVS zonder IBS alsook bij de totale M.E./CVS-groep. Bij de M.E./CVS-subgroepen waren symptoom-ernst metingen (pijn, vermoeidheid en verminderde motivatie) gecorreleerd met de hoeveelheden verschillende bakteriële taxa en metabole mechanismen.

BESLUITEN: Onafhankelijk van IBS is M.E./CVS geassocieerd met dysbiose [dysbakteriose; microbieel onevenwicht] en verschillende bakteriële metabole stoornissen die de ziekte-ernst kunnen beïnvloeden. Onze bevindingen geven echter aan dat dysbiotische kenmerken die uniek met M.E./CVS geassocieerd zijn, kunnen gemaskeerd zijn door stoornissen die voortvloeien uit de hoge prevalentie van IBS co-morbiditeit bij M.E./CVS. Deze inzichten kunnen een meer accurate diagnose mogelijk maken en leiden tot inzichten die informeren met betrekking tot de ontwikkeling van specifieke therapeutische strategieën voor M.E./CVS-subgroepen.

Achtergrond

[…]. 35 tot 90% van de M.E./CVS-individuen melden abdominaal ongemak dat consistent is met prikkelbare darm syndroom (IBS).

Bakterieën, hun metabolieten en de gastheer-molekulen die ze beïnvloeden nemen deel aan bidirectionele communicatie-mechanismen die de darm en het centraal zenuwstelsel (CZS) verbinden. Intestinale dysbiose kan de plaatselijke fysiologie (zoals bij IBS) en immunologische circuits, alsook cognitie en stemming ontregelen.

Studies gebaseerd op culturen en sequentie-bepaling van 16S ribosomaal RNA (rRNA) van stoelgang-bakterieën hebben bewijs voor dysbiose (een onevenwicht van intestinale bakteriële populaties) onthuld bij M.E./CVS [bv. Giloteaux L et al. Reduced diversity and altered composition of the gut microbiome in individuals with Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Microbiome (2016) 4: 30]. Er werden veranderingen qua plasma-metabolieten geïdentificeerd die M.E./CVS-patiënten onderscheiden van gezonde controles. Minstens enkele van deze metabolieten zijn produkten van het intestinaal microbioom [Yamano E et al. Index markers of Chronic Fatigue Syndrome with dysfunction of TCA and urea cycles. Sci Rep. (2016) 6: 34990 /// Naviaux RK et al. Metabolic features of Chronic Fatigue Syndrome. Proc Natl Acad Sci USA. (2016) 113: E5472-5480]. Hier bieden we een aanvulling en uitbreiding van dit werk bij een groep van M.E./CVS-patiënten en 50 gezonde controles d.m.v. ‘shotgun’ metagenomische sequentie-bepaling [zie onze inleiding], analyse van metabole mechanismen, en verbinding met klinische gegevens en plasma immuun-profielen. We gebruiken ook een nieuw topologische data analyse (TDA) platform [Topologie is een wiskundige discipline die vorm bestudeert. Hier betekent dit multi-dimensionele subgroepen/netwerken. Topologische Data Analyse verwijst naar het analyseren van grote hoeveelheden complexe gegevens.] dat verbanden onthult die over het hoofd kunnen worden gezien bij gebruik van lineaire analytische modellen.

Methodes

[…]

Resultaten

Kenmerken van de studie-populatie

Patiënten voldeden aan de 1994 CDC Fukuda en de 2003 Canadese consensus criteria. […] 41 vrouwelijke en 9 mannelijke M.E./CVS-patiënten (gemiddelde leeftijd 51,1 jaar); 41 vrouwelijke en 9 mannelijke controle (gemiddelde leeftijd 51,3 jaar). […] IBS-diagnose bij 21 van de 50 M.E./CVS-patiënten (42%) en geen enkele van de controles. 9 van de 21 M.E./CVS mét IBS patiënten (43%) rapporteerden een IBS-diagnose te hebben gekregen vóór M.E./CVS. 28 M.E./CVS-patiënten en 22 controles hadden hoge BMI (>25 kg/m2).

Topologische data analyse (TDA) van faecale microbiomen, voorspelde bakteriële metabole mechanismen, plasma immuun-molekule profielen en klinische kenmerken

Er werd ‘shotgun’ metagenomische sequentie-bepaling van stoelgang-stalen aangewend om de microbiële samenstelling te bepalen (relatieve hoeveelheden van taxa) en de bakteriële metabole mechanismen bij de M.E./CVS-patiënten en de controle-individuen af te leiden. […] We construeerden een TDA-netwerk opgebouwd uit de 100 stalen […] en 1.358 variabelen (574 m.b.t. de relatieve hoeveelheden bakteriële taxa; 586 m.b.t. de metabole mechanismen – 131 ‘super-pathways’ [combinaties van biochemische mechanismen die de biosynthese of het metabolisme van een groep verwante molekulen beschrijven] en 455 individuele metabole mechanismen; 61 die de waarden weerspiegelen van elke plasma immuun-molekule; 80 m.b.t. symptomen (items van gezondheid-vragenlijsten) en 57 m.b.t. co-morbiditeiten en demografische variabelen). De verbanden tussen deze datasets werden geanalyseerd […] om multi-dimensionele netwerken en de individuele factoren (microbiële, metabole mechanismen, immuun-molekulen en klinische variabelen) die deze netwerken onderscheiden, te identificeren

De M.E./CVS-patiënten vormden topologische netwerken afgezonderd van de controle-individuen. IBS co-morbiditeit was de sterkste bepalende factor in de afscheiding van de metagenomen bij M.E./CVS. TDA onthulde verschillen qua bakteriële taxa en metabole mechanismen tussen M.E./CVS, M.E./CVS mét IBS en M.E./CVS zonder IBS vs. controles. Op het niveau van bakteriële families, waren de relatieve hoeveelheden Lachnospiraceae & Porphyromonadaceae lager bij M.E./CVS (mét én zonder IBS) vergeleken met controles, terwijl de relatieve hoeveelheden van Clostridiaceae hoger. Op het niveau van de geslachten, waren de Dorea, Faecalibacterium, Coprococcus, Roseburia & Odoribacter lager bij M.E./CVS t.o.v. de controles, terwijl de Clostridium & Coprobacillus hoger waren. De 12 bakterie-soorten die de verschillen bepalen tussen de M.E./CVS- en controle-groepen waren Faecalibacterium prausnitzii, Faecalibacterium cf., Roseburia inulinivorans, Dorea longicatena, Dorea formicigenerans, Coprococcus catus, Odoribacter splanchnicus, Ruminococcus obeum & Parabacteroides merdae (gedaald bij M.E./CVS), en Clostridium asparagiforme, Clostridium symbiosum & Coprobacillus bacterium (gestegen bij M.E./CVS).

De variabiliteit binnen de controle-groep was kleiner dan in de M.E./CVS-groep. […] Bij M.E./CVS mét IBS waren er minder van de Proteobacteria fylum [bakteriële stam], C. Catus & F. prausnitzii soorten, en minder van de Clostridiaceae familie vergeleken met controles. Analyse van de ‘super-pathways’ toonde wijzigingen qua haem [onderdeel van hemoglobine in rode bloedcellen maar ook een belangrijke groep in mitochondriale cytochromen] -biosynthese, en carboxylaten [lactaat, pyruvaat en keton-lichamen], aminozuren en polyaminen [organische verbindingen die meer dan één amine-groep bevatten] -metabolisme. Bij de M.E./CVS zonder IBS werd het verschil bepaald door de verhoogde hoeveelheden van leden van de Clostridiaceae familie, de Clostridium & Pseudoflavonifractor geslachten, en de verminderde hoeveelheden van leden van de Porphyromonadaceae familie, en Odoribacter & Parabacteroides geslachten. De bakteriële soorten bepalend voor de verschillen tussen M.E./CVS zonder IBS en controles waren D. formicigenerans, C. catus, Blautia hansenii & Parabacteroides distasonis (allen gedaald bij M.E./CVS zonder IBS) en ongeklassificeerde Bacteroides, D. longicatena, Ruminococcus gnavus, C. symbiosum, Eggerthella lenta, Pseudoflavonifractor capillosus, C. bacterium, Clostridium cf. & scindens (allen verhoogd bij M.E./CVS zonder IBS). […] Er werden hogere KS (Kolmogorov-Smirnov) scores [identificeert significante verschillen tussen netwerken] gevonden voor bakteriële taxa en metabole mechanismen die de M.E./CVS mét IBS groep onderscheidden van controles. Vergelijkingen aangaande de M.E./CVS mét IBS subgroep (vs. controles & vs. M.E./CVS zonder IBS) toonden sterke verbanden met bakteriële taxa en metabole mechanismen dan om ’t even welke andere vergelijkingen.

4 netwerken gedefinieerd door IBS co-morbiditeit en BMI waren geassocieerd met een duidelijk metagenomisch en immuun-profiel.

M.E./CVS en M.E./CVS -subgroepen zijn geassocieerd met een gewijzigde microbiële samenstelling

Taxonomische analyse van de samenstelling gebaseerd op metagenomische sequentie-bepaling gaf aan dat de 2 overwegende stammen bij M.E./CVS- en controle-individuen Bacteroidetes (64,9 & 63,4% respectievelijk) en Firmicutes (26,6 & 29,7% respectievelijk) waren. In combinatie waren Bacteroidetes & Firmicutes verantwoordelijk voor een gemiddelde relatieve hoeveelheid van 91,5% bij M.E./CVS en 93,1% bij controles. De andere stammen (Actinobacteria, Proteobacteria, Verrucomicrobia, Euryarchaeota, Lentisphaerae & Fusobacteria) kwamen in kleinere relatieve hoeveelheden (< 5%) voor in de stalen.

[…] Gegevens bekomen via andere statistische methodes bieden bewijs voor een grotere variabiliteit in de microbiomen van M.E./CVS-patiënten.

Er werden ook 22 bakteriële taxa geïdentificeerd die aangerijkt waren bij M.E./CVS en 27 aangerijkt bij controles. […] 41 bakteriële soorten, geslachten, families of orden verschilden tussen de M.E./CVS- en controle-groepen. 37 bakteriële taxa differentieerden M.E./CVS van controles volgens 2 statistische methodes. Op het niveau van bakteriële orden en families waren de relatieve hoeveelheden van leden van de orde Pasteurellales en van de families Lachnospiraceae, ongeklassificeerde Bacillales & Pasteurellaceae lager bij de M.E./CVS-patiënten dan bij de controles, terwijl de relatieve hoeveelheden van leden van de familie Clostridiaceae hoger lagen bij M.E./CVS. Op het niveau van geslachten waren de hoeveelheden van leden van de geslachten Faecalibacterium, Roseburia, Coprococcus, Gemella, Dorea & Haemophilus lager bij M.E./CVS, terwijl de hoeveelheden van de geslachten Clostridium, Pseudoflavonifractor, Anaerostipes & Coprobacillus hoger lagen bij M.E./CVS. De bakteriële soorten die de verschillen de M.E./CVS- en controle-groepen bepaalden, waren F. prausnitzii, Alistipes putredinis, Faecalibacterium cf., R. inulinivorans, D. longicatena, D. formicigenerans, Eubacterium ventriosum, Eubacterium hallii, Haemophilus parainfluenzae, P. distasonis, R. obeum & C. catus (allemaal gedaald bij M.E./CVS) en ongeklassificeerde Bacteroides, ongeklassificeerde Alistipes, P. capillosus, Clostridium bolteae, R. gnavus, C. asparagiforme, Anaerostipes caccae, C. bacterium, C. symbiosum & C. scindens (allemaal verhoogd bij M.E./CVS). Faecalibacterium, Roseburia, Dorea, Coprococcus, Clostridium, Ruminococcus & Coprobacillus soorten waren significant verschillend (M.E./CVS-patiënten vs. controles […]).

Bewijsmateriaal verkregen via TDA dat IBS gelinkt was met verschillen qua ziekte-ernst, microbiomen en immuun-profielen leidde er ons toe de patiënten-groep onder te verdelen in M.E./CVS mét IBS en M.E./CVS zonder IBS, en te testen op groep-specifieke verschillen in de microbiomen […].

Bij vergelijkingen van de M.E./CVS mét IBS en controles, identificeerden we 12 bakteriële soorten, geslachten of families die waren aangerijkt bij M.E./CVS mét IBS en 26 bakteriële taxa aangerijkt bij de controles. […] 21 bakteriële taxa verschilden tussen M.E./CVS mét IBS en controles. […] De verschillen werden bepaald door toenames qua vertegenwoordigers van de Clostridiaceae familie, Clostridium & Anaerostipes geslachten, en afnames qua vertegenwoordigers van de Lachnospiraceae familie, Faecalibacterium, Roseburia, Coprococcus & Dorea geslachten. De 13 bakteriële soorten die de verschillen bepaalden tussen M.E./CVS mét IBS en controles waren F. prausnitzii, F. cf., ongeklassificeerde Faecalibacterium, R. inulinivorans, C. comes, D. longicatena, E. hallii, D. formicigenerans, R. obeum & C. catus (telkens gedaald bij de M.E./CVS mét IBS), en ongeklassificeerde Alistipes, C. bolteae & A. caccae (telkens gestegen bij de M.E./CVS mét IBS).

Bij de M.E./CVS zonder IBS, identificeerden we 29 bakteriële soorten, geslachten of families die waren aangerijkt en 16 bakteriële taxa aangerijkt bij de controles. […] 22 bakteriële taxa verschilden tussen de M.E./CVS zonder IBS en controles. […] De verschillen bij M.E./CVS zonder IBS werden bepaald door de verhoogde hoeveelheden van leden van de Pseudomonadales orde, de Clostridiaceae & Pseudomonadaceae familie, en de Clostridium, Pseudomonas, Pseudoflavonifractor, Eggerthella & Coprobacillus geslachten, en door de verlaagde hoeveelheden van leden van het Dorea geslacht. De 13 bakteriële soorten die de verschillen bepaalden tussen M.E./CVS zonder IBS en controles waren D. formicigenerans, C. catus & P. distasonis, (allen gedaald bij M.E./CVS zonder IBS), en ongeklassificeerde Bacteroides, R. gnavus, D. longicatena, P. capillosus, E. lenta, C. symbiosum & scindens, C. bacterium en Clostridium cf. (allen gestegen bij M.E./CVS zonder IBS).

[…] Hoewel controles een significante lagere intra-groep ongelijkheid vertoonden t.o.v. zowel M.E./CVS zonder IBS en M.E./CVS mét IBS, hadden M.E./CVS mét IBS de hoogste intra-groep ongelijkheid. Vergelijkingen tussen de groepen toonden aan dat er lagere ongelijkheid was tussen controles en M.E./CVS zonder IBS dan het geval was tussen controles en M.E./CVS mét IBS. Vergelijkingen tussen M.E./CVS zonder IBS vs. M.E./CVS mét IBS toonden hogere ongelijkheid dan controles vs. M.E./CVS zonder IBS maar gelijkaardige ongelijkheid als tussen controles vs. M.E./CVS mét IBS. Er was dus evenveel ongelijkheid tussen de 2 M.E./CVS-subgroepen (gedefinieerd door IBS co-morbiditeit) als tussen controles en M.E./CVS mét IBS; en zelfs grotere ongelijkheid tussen de subgroepen van IBS. Gecombineerd suggereren deze resultaten dat de M.E./CVS-individuen een grotere variatie qua microbiomen hebben dan de controle-individuen en dat M.E./CVS-individuen mét IBS de grootste intra-groep variatie vertonen.

[…] De relatieve hoeveelheden van 11 bakteriële soorten onderscheidden zowel M.E./CVS mét IBS als M.E./CVS zonder IBS van de controles. De relatieve hoeveelheden van 19 bakteriële soorten onderscheidden M.E./CVS zonder IBS van controles, maar hielpen niet bij de differentiatie van de totale M.E./CVS-groep van de controle-groep. […]

We vergeleken het aantal bakteriële soorten bij de M.E./CVS-groepen en de controles. Er werd een totaal van 363 bakterie-soorten geïdentificeerd in de totale studie-groep. Het aantal geïdentificeerde soorten was gelijkaardig bij M.E./CVS-patiënten en controles (gemiddeld: 74,24 ± 1,67 bij M.E./CVS; 77,5 ± 2,07 bij controles). We vonden ook geen verschillen qua aantal bakterie-soorten als we de subroepen vergeleken op basis van IBS-status (gemiddeld: 71,62 ± 2,26 voor M.E./CVS mét IBS; 76,14 ± 2,34 voor M.E./CVS zonder IBS; 77,5 ± 2,07 voor controles).

Bakteriële soorten onderscheiden M.E./CVS en M.E./CVS mét IBS van gezonde controle-individuen

[…] Soorten uit de Firmicutes fylum waren de hoofd-determinanten voor M.E./CVS-groep status. De relatieve hoeveelheden van 4 bakteriële soorten (C. catus, P. capillosus, D. Formicigenerans & F. prausnitzii) onderscheidden de M.E./CVS-patiënten van de controles […]. De toevoeging van 4 extra bakteriële soorten (C. asparigiforme, Sutterella wadsworthensis, A. putredinis & Anaerotruncus colihominis) verbeterden de voorspelling. […]

De relatieve hoeveelheden van bepaalde bakteriële taxa definieerden M.E./CVS-patiënten mét IBS. De relatieve hoeveelheden van slechts 2 bakteriële soorten (Faecalibacterium cf. & Bacteroides vulgatus) onderscheidden M.E./CVS mét IBS van de controles met een matige accuraatheid […]. De accuraatheid van de voorspelling verbeterde wanneer 9 bijkomende bakteriële soorten (F. cf., F. prausnitzii, B. vulgatus, A. putredinis, C. catus, A. caccae, D. formicigenerans, A. Colihominis & C. asparagiforme) werden toegevoegd aan het model […].

Lidmaatschap van de M.E./CVS zonder IBS subgroep (t.o.v. de controle-groep) werd voorspeld door de relatieve hoeveelheden Bacteroides caccae, P. capillosus, P. distasonis, Bacteroides fragilis, Prevotella buccalis, Bacteroides xylanisolvens & D. formicigenerans […]. De bakteriële soorten Bacteroides, Clostridium, Pseudoflavonifractor & Parabacteroides werden in alle statistische testen gevonden in de M.E./CVS zonder IBS groep (vergeleken met controles). De gedaalde relatieve hoeveelheid van Bacteroides vulgatus onderscheidde de M.E./CVS zonder IBS groep van de M.E./CVS mét IBS groep (alle statistische testen).

M.E./CVS-patiënten mét IBS werden onderscheiden van de M.E./CVS zonder IBS door de relatieve hoeveelheden van 11 bakteriële soorten […].

Bakteriële metabole mechanismen bij M.E./CVS

Er werden bakteriële metagenomische gegevens gebruikt om de verschillen te voorspellen qua funktionele metabole mechanismen in de M.E./CVS-subgroepen. Alles te samen werden 455 individuele bakteriële metabole mechansimen geïdentificeerd en geanalyseerd. Bij analyse van (in het totaal 131) super-mechanismen bleken bakteriële vitamine-B6 biosynthese en hergebruik, pyrimidine-ribonucleoside [bouwstenen van DNA/RNA] afbraak en atrazine-afbraak significant aangerijkt, terwijl bakteriële mechanismen voor de biosynthese van arginine, polyaminen, onverzadigde vetzuren & mycolaten [mycolzuren zijn een groep organische zuren met zeer lange koolwaterstof-ketens, deze zuren aangetroffen in de celwand van bakterieën die behoren tot de Mycolata (waartoe o.a. de TBC-bakterie behoort)] significant gereduceerd waren bij M.E./CVS t.o.v. controles. De M.E./CVS mét IBS groep vertoonde voorspelde aanrijking qua bakteriële mechanismen voor fucose-, rhamnose- [suikers], atrazine-afbraak en L-threonine biosynthese, gedaalde haem-, aminozuren- en polyamine-biosynthese, en een verminderd metabolisme qua purine-, pyrimidine- en onverzadigde vetzuren vergeleken met controles. In de M.E./CVS zonder IBS groep, waren de voorspelde bakteriële mechanismen voor vitamine-B6 biosynthese en hergebruik, pyrimidine-ribonucleosiden, atrazine-, glycerol- en sulfolactaat [wordt omgezet tot pyruvaat] -afbraak gestegen, terwijl de biosynthese van onverzadigde vetzuren en mycolaten verlaagd waren vergeleken met de controles. […] Statistische analyse toonde aanrijking van het mechanisme voor atrazine-afbraak bij zowel in de M.E./CVS als de M.E./CVS mét IBS groepen vergeleken met de controles; voorspelde bakteriële mechanismen voor arginine-, polyamine-biosynthese en pyrimidine-ribonucleoside afbraak bleken gereduceerd bij M.E./CVS mét IBS. […] M.E./CVS vertoonde wijzigingen qua individuele bakteriële metabole mechanismen gelinkt met TCA-cyclus [citroenzuur- of Krebs-cyclus; pyruvaat + acetyl-CoA => citraat, enz.; levert energie], afbraak van alkohol en aromatische molekulen, en vetzuren/lipiden-metabolisme. De M.E./CVS mét IBS groep was geassocieerd met gewijzigde bakteriële mechanismen voor vetzuren/lipiden-metabolisme, biosynthese van aromatische molekulen en afbraak van koolhydraten (CHO)/carboxylaten.

Plasma cytokine-concentraties onderscheidden de M.E./CVS-groepen niet

Er werd immuun-profilering uitgevoerd om te testen op veranderingen in de M.E./CVS-subgroepen. Er werden geen significante bevindingen vastgesteld […] voor alle 61 cytokinen. Vóór statistische aanpassing was TNF-α verhoogd bij de M.E./CVS-patiënten, vergeleken met de controles en de plasma-waarden van leptine, CSF-2, CXCL-8 & TNF-α waren hoger bij de M.E./CVS mét IBS patiënten dan bij de controles. De M.E./CVS-patiënten zonder IBS vertoonden (vóór de aanpassing) een trend tot verhoogd TNF-α vergeleken met controles. […] Er werd geen duidelijke clustering gezien tussen de ziekte-groepen.

Een voorspellend model gebaseerd enkel op de immuun-gegevens was weinig accuraat voor het onderscheiden van de M.E./CVS diagnostische groepen en controles […].

Correlaties van symptoom-ernst scores met hoeveelheden van bakteriële soorten en voorspelde bakteriële metabole mechanismen bij M.E./CVS en M.E./CVS-subgroepen

We onderzochten of de relatieve hoeveelheden van individuele bakteriële soorten, gedefinieerd door hun associatie met M.E./CVS en subgroepen, correleerden met de ‘Short Form 36 Health Survey’ en de ‘Multidimensional Fatigue Inventory’. De correlaties tussen de bakterie-soorten en de ziekte-ernst waren significant voor alle gevallen (M.E./CVS, M.E./CVS mét IBS of M.E./CVS zonder IBS).

Bij alle M.E./CVS-gevallen waren de verhoogde relatieve hoeveelheden van R. gnavus, C. bacterium, C. bolteae & C. asparagiforme geassocieerd met betere vitaliteit-, gezondheidverandering- en motivatie-scores. Verlaagde relatieve hoeveelheden F. prausnitzii & C. catus waren geassocieerd met slechtere scores qua emotioneel welzijn, terwijl verhoogde hoeveelheden R. inulinivorans & D. formicigenerans geassocieerd waren met verbeterde motivatie-scores.

Bij de M.E./CVS mét IBS gevallen waren gedaalde relatieve hoeveelheden ongeklassificeerde Alistipes, D. longicatena & R. inulinivorans geassocieerd met verbeterde vitaliteit-, gezondheidverandering- en vermoeidheid-scores. Verlaagde relatieve hoeveelheden van C. Comes & Faecalibacterium soorten waren geassocieerd met slechtere scores voor vermoeidheid en pijn, respectievelijk.

Bij de M.E./CVS zonder IBS, was de gestegen relatieve hoeveelheid van P. capillosus geassocieerd met slechtere scores voor vitaliteit, emotioneel welzijn, gezondheidveranderingen en motivatie. De relatieve hoeveelheden van D. formicigenerans & C. scindens waren geassocieerd met verbeterde motivatie-scores, gelijkaardig met patronen gezien bij totale M.E./CVS.

Metabole mechanismen voorspeld via bakteriële metagenomische gen-content onthulde correlaties tussen aktiviteit in specifieke mechanismen en klinische kenmerken. Verlaagde polyaminen-biosynthese bij zowel in M.E./CVS en M.E./CVS mét IBS was geassocieerd met slechter scores qua lichamelijke funktie scores en verhoogde vermoeidheid. Bij M.E./CVS mét IBS waren verhoogde fucose- en rhamnose-afbraak, en verhoogde threonine-biosynthese geassocieerd met slechtere scores voor algemeen welzijn en pijn, verlaagde fenylalanine- en tyrosine [aminozuren] -biosynthese, en verlaagde pyrimidine-deoxyribonucleoside afbraak waren geassocieerd met slechtere scores qua algemeen welzijn, mentale vermoeidheid en pijn. Verhoogde sulfolactaat-afbraak bij M.E./CVS zonder IBS was geassocieerd met betere pijn-scores.

Bespreking

M.E./CVS gaat gepaard met systemische inflammatie en zowel gastro-intestinale als neurologische stoornissen. Zodoende onderzochten we verbanden tussen microbiomen, metabole mechanismen en plasma cytokine-profielen bij individuen met M.E./CVS en gematchte controles. Metagenomische analyse en voorspellende selektie onthulde bakterie-soorten waarvan de relatieve hoeveelheden geassocieerd waren met M.E./CVS. Op basis van bevindingen uit verschillende modellen, bleken Faecalibacterium, Roseburia, Dorea, Coprococcus, Clostridium, Ruminococcus & Coprobacillus sterk geassocieerd met M.E./CVS; een combinatie van hun relatieve hoeveelheden leek de diagnose te kunnen voorspellen.

We kunnen geen directe vergelijking maken tussen de hier verkregen metagenomische resultaten en andere die gebaseerd waren op 16S rRNA analyses. Niettemin repliceren onze bevindingen deze van andere onderzoek-groepen wat betreft het aantonen van intestinale dysbiose bij M.E./CVS [bv. Shukla SK et al. Changes in gut and plasma microbiome following exercise challenge in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome (ME/CFS). PLoS One. (2015) 10: e0145453]. Er werden verminderde hoeveelheden van meerdere Firmicutes-populaties (zoals Roseburia, Synthrophococcus, Holdemania & Dialister) gevonden en een verhoogde hoeveelheid van Lactonifactor & Alistipes. Anderen rapporteerden een daling qua hoeveelheden Firmicutes en verschillen met controles qua aanwezigheid van 40 bakteriële soorten (inclusief F. prausnitzii, Ruminococcus spp, Coprococcus spp, E. lenta & C. aerofaciens). Onze bevindingen tonen ook verminderde Faecalibacterium soorten en verhoogde Alistipes bij M.E./CVS aan als de sterkste voorspellers van de ziekte.

De prevalentie van IBS co-morbiditeit is hoog bij individuen met M.E./CVS (35-90%). De onderliggende link tussen deze aandoeningen en de richting van het verband dienen nog te worden onderzocht. M.E./CVS en z’n onderliggende pathofysiologie of de emotionele responsen op het ziek-zijn bij deze individuen zou mensen die lijden aan M.E./CVS tot IBS kunnen voorbestemmen. Angst (bijzonderlijk bezorgdheid om gezondheid) en depressie komen courant voor bij M.E./CVS, en angst en depressie verdubbelen het risico op IBS. Een andere optie is de associatie tussen M.E./CVS en IBS ontstaan ten gevolge overlappende pathofysiologische mechanismen die bijdragen tot de ontwikkeling van beide syndromen. Bv: infektueuze gastro-enteritis veroorzaakt door bakteriële (Campylobacter jejuni, Salmonella enterica, Shigella sonnei, Escherichia coli 0157:H7), virale (norovirus) of protozoale (Giardia lamblia) pathogenen verhogen het risico op post-infektueuze IBS. Er wordt dikwijls gemeld dat M.E./CVS zich ontwikkelt na een acute infektueuze ziekte, en er werden post-infektueuze vermoeidheid toestanden gerapporteerd na bakteriële, virale en protozoale infekties [Hickie et al. Post-infective and Chronic Fatigue Syndromes precipitated by viral and non-viral pathogens: prospective cohort study. BMJ (2006) 333: 575]. Acute giardiasis [darm-infektie veroorzaakt door de parasiet Giardia lamblia] bv. is geassocieerd met een verhoogd risico op post-infektueuze IBS […] én verhoogd risico op post-infektueuze chronische vermoeidheid […]). Ten slotte: de associatie tussen deze syndromen zou kunnen voortkomen uit symptoom-overlapping. Inderdaad: er is symptoom-overlapping tussen IBS en andere funktionele somatische syndromen, inclusief M.E./CVS en fibromyalgie. IBS-patiënten hebben ook hogere scores op de ‘Fatigue Impact Scale’ dan gezonde individuen.

TDA onthulde dat IBS co-morbiditeit een belangrijke bepalende factor was van de topologische netwerken in onze M.E./CVS-groep. Gedaalde relatieve hoeveelheden qua Faecalibacterium soorten, R. obeum, E. hallii en C. comes waren geassocieerd met IBS co-morbiditeit. Het geslacht Anaerostipes was verhoogd bij M.E./CVS mét IBS, maar niet bij M.E./CVS zonder IBS. In tegenstelling daarmee werden de relatieve hoeveelheden van ongeklassificeerde Bacteroides, P. capillosus, E. lenta (telkens verhoogd) en P. distasonis (verlaagd) geïdentificeerd als specifieke merkers voor M.E./CVS zonder IBS. De relatieve hoeveelheid van D. longicatena was verhoogd bij M.E./CVS zonder IBS maar verlaagd bij M.E./CVS mét IBS. Dus: hoewel sommige verschillen qua bakteriële taxa in de totale M.E./CVS-groep worden bepaald door de hoge prevalentie van IBS co-morbiditeit, zijn andere specifiek voor M.E./CVS.

De verminderde hoeveelheden Faecalibacterium & Coprococcus soorten zijn geassocieerd met IBS-achtige symptomen, inclusief hyper-sensitiviteit van het colon, opgeblazen gevoel en gastro-intestinaal ongemak bij mensen en in dieren-modellen. Er werd gepostuleerd dat een gewijzigd microbioom leidt tot verhoogde darm-permeabiliteit (“leaky gut” [lekkende darm]) en intestinale inflammatie met gastro-intestinale symptomen. Verhoogde translocatie van lipopolysacchariden (LPS) van Gram-negatieve bakterieën leidt tot aanmaak van auto-antilichamen, disruptie van ‘tight-junctions’ [membranen van cellen komen samen en vormen een soort barrière zodat substanties verplicht worden de cel binnen te dringen om door het weefsel te raken, zodat er controle is over welke toegelaten worden en welke niet], en zowel lokale gastro-intestinale als systemische inflammatie. Eerdere bevindingen die veranderingen in de microbiomen van IBS-patiënten aantonen, werden hier bevestigd door de sterke associatie van deze bakterieën bij M.E./CVS-individuen mét IBS. Gezien de hoge mate van of IBS co-morbiditeit bij M.E./CVS, benadrukken dergelijke bevindingen het belang van het nagaan van IBS co-morbiditeit in studies die de rol van het microbioom bij M.E./CVS evalueren.

Het voorspellen van metabole mechanismen via bakteriële metagenomische genen-inhoud onthulde bijkomende veranderingen bij M.E./CVS en M.E./CVS-subgroepen. Gelijkaardig met onze bevindingen betreffende verschillen qua bakteriële samenstelling, waren verschillen qua voorspelde bakteriële metabole mechanismen die werden gevonden bij de totale M.E./CVS-groep representatief voor de verzamelde bevindingen geassocieerd met IBS-subgroepen. Deze resultaten suggereren dat, zoals bij bakteriële taxa, enkele bakteriële metabole mechanismen uniek gewijzigd kunnen zijn bij M.E./CVS terwijl andere gelinkt kunnen zijn met IBS co-morbiditeit.

Aanrijking van het mechanisme voor vitamine-B6 biosynthese en hergebruik was de sterkste voorspeller voor M.E./CVS alsook M.E./CVS zonder IBS, wat suggereert dat dit verband onafhankelijk is van IBS. Er werd een daling van de funktionele B-vitamine status gerapporteerd bij M.E./CVS-patiënten; het is echter onduidelijk of dergelijke verschillen kunnen worden toegeschreven aan afwijkende gastheer of bakteriële metabole mechanismen. Pyrimidine-deoxyribonucleoside afbraak en individuele mechanismen verbonden met de TCA-cyclus zijn energie-regulerende mechanismen in het gastheer-metabolisme. Wat verder de verschillen tussen M.E./CVS mét en zonder IBS benadrukt, is het feit dat het voorspelde bakterieel mechanisme van de pyrimidine-ribonucleoside afbraak was aangerijkt bij M.E./CVS zonder IBS (en in de totale M.E./CVS-groep) maar was verminderd bij in M.E./CVS mét IBS; vergeleken met controles. TCA- en energie-metabolisme kunnen de pathofysiologie van of M.E./CVS beïnvloeden door ontoereikende adenosine-trifosfaat (ATP) produktie [Vermeulen RCW et al. Patients with Chronic Fatigue Syndrome performed worse than controls in a controlled repeated exercise study despite a normal oxidative phosphorylation capacity. J Transl Med. (2010) 8: 93]. Er werden intermediaire metabolieten gelinkt met de TCA-cyclus geïdentificeerd als specifieke merkers voor M.E./CVS in metaboloom-analyses; het is echter onduidelijk of bakteriële dysbiose bijdraagt tot deze metabole veranderingen bij de gastheer. De metabolieten en componenten van de ureum-cyclus (aminozuren en ammoniak) bleken ook gewijzigd bij M.E./CVS. Onze resultaten geven echter aan dat de meerderheid van de bakteriële aminozuren metabole mechanismen die geassocieerd waren met M.E./CVS enkel geassocieerd waren met de M.E./CVS mét IBS subgroep. Dus: als bakteriële metabole mechanismen bijdragen tot deze geobserveerde metaboliet-wijzigingen bij de gastheer, zouden dergelijke veranderingen beperkt kunnen zijn tot de IBS-subgroep.

Er werd ook een aanrijking qua mechanismen m.b.t. de afbraak van atrazine bij M.E./CVS gevonden in onze analyses en dit zou onafhankelijk van IBS kunnen zijn, aangezien het voorspelde mechanisme van atrazine-afbraak een biomerker was voor zowel M.E./CVS zonder IBS en M.E./CVS mét IBS. Bijkomende studies zullen nodig zijn om te bepalen of atrazine, een chemische stof die wordt gevonden in pesticiden, aanwezig is het gastro-intestinaal kanaal van deze individuen en onderhevig is aan afbraak via deze mechanismen.

Het onverzadigde vetzuren biosynthese mechanisme, dat was voorspeld gereduceerd te zijn in alle 3 de M.E./CVS-groepen, is verbonden met energie-homeostase en basis-componenten van meerdere katabole processen. De verhouding van ω3/ω6 [omega-3/-6] vrije vetzuren en eicosapenteen-zuur/arachidonzuur [zie ‘Onverzadigde vetzuren en pijn] zijn gedaald bij M.E./CVS-patiënten. De verlaagde ω3 vrije vetzuren en gewijzigde verhouding van mono- en poly-onverzadigde vetzuren zijn gelinkt met pro-inflammatoire responsen en immuun-aktivatie [Puri BK. Long-chain poly-unsaturated fatty acids and the pathophysiology of Myalgic Encephalomyelitis (Chronic Fatigue Syndrome). J Clin Pathol. (2007) 60: 122-4]. De genen betrokken bij mycolaat-biosynthese, een bakterieel mechanisme wat voorspeld was gereduceerd te zijn bij M.E./CVS zonder IBS in deze studie, zijn verder verbonden met initiatie van het vrije vetzuren metabool mechanisme en metabole processen. Het verminderd voorkomen van haem-biosynthese mechanismen, alsook arginine- en polyaminen-biosynthese mechanismen zijn specifiek voor M.E./CVS mét IBS co-morbiditeit. Arginine is een voorloper van de produktie van stikstof-oxide (oxidatieve stress responsen) en ammoniak-metabolisme (ureum-cyclus). Arginine is verbonden met verhoogde energie en uithouding, beter geheugen en minder intestinale inflammatie via zenuwstelsel-signalisering. Hoewel werd aangetoond dat bakterieën in het darm-microbioom een belangrijke rol spelen bij het voorzien van vitaminen aan de gastheer en het darm-microbioom een diepgaande invloed heeft op zoogdier-metabolieten, zullen bijkomende studies nodig zijn om het verband te beoordelen tussen de hier geïdentificeerde bakteriële metabole mechanismen op basis van genetische inhoud, bakteriële meta-transcriptomen en het metaboloom bij M.E./CVS.

Specifieke bakteriële soorten en gerelateerde metabole mechanismen werden gecorreleerd met de score voor M.E./CVS ziekte-graad (vitaliteit, mentale vermoeidheid en pijn). Eerdere studies aangaande veranderingen in het darm-microbioom na inspanning bij M.E./CVS toonden wijzigingen binnen 72 h in vergelijking met ‘baseline’ en met controles [zie Shukla SK et al. hierboven]. Onze studie vond geen associatie tussen metagenoom-gegevens en gerapporteerde post-exertionele malaise/fysieke vermoeidheid. Onze studie was echter niet ontworpen om microbioom-veranderingen na inspanning bij in M.E./CVS-patiënten te beoordelen.

Plasma-cytokinen definieerden de M.E./CVS-groepen niet in onze studie. Eerdere studies toonden verhoogde waarden qua pro- en anti-inflammatoire cytokinen (zoals TNFα) aan in het plasma en cerebrospinaal vocht bij of M.E./CVS-patiënten met ziekte van korte duur [Hornig M et al. Distinct plasma immune signatures in ME/CFS are present early in the course of illness. Sci Adv. (2015) 1: e1400121 /// Hornig M et al. Cytokine network analysis of cerebrospinal fluid in Myalgic Encephalomyelitis/ Chronic Fatigue Syndrome. Mol Pyschiatry (2016) 21: 261-9]. De minder robuste bevindingen aangaande veranderingen qua plasma immuun-molekulen in de huidige studie-groep kan worden verklaard door een gebrek aan M.E./CVS-patiënten die nog niet lang ziek waren.

Besluiten

Onze resultaten zijn een bevestiging en uitbreiding van eerder werk dat intestinale dysbiose bij M.E./CVS aangeeft. We tonen verder aan dat patronen van dysbiose variëren met IBS co-morbiditeit. Toekomstige studies zouden meer gedetailleerd onderzoek van IBS-subtypes, geassocieerde GI-symptomen en hun relatie met M.E./CVS-dysbiose moeten overwegen. De identificatie van M.E./CVS-netwerken – gekenmerkt door specifieke profielen die microbiomen, metabole mechanismen en plasma immuun-molekulen integreren – kunnen accuratere diagnose mogelijk maken en leiden tot inzichten die informatie verschaffen naar de ontwikkeling van specifieke therapeutische strategieën toe.

 

Maak een gratis website of blog op WordPress.com.