M.E.(cvs)-wetenschap

augustus 1, 2009

Gen-expressie bij tweelingen met/zonder chronische vermoeidheid

Filed under: Genetica — mewetenschap @ 1:04 pm
Tags: , , ,

In een artikel in het Journal of Clinical Pathology uit 2007 (‘Current research priorities in Chronic Fatigue Syndrome/ Myalgic Encephalomyelitis: disease-mechanisms, a diagnostic test and specific treatments’) schreef Professor Jonathan Kerr (van de Collaborative Clinical Study Group): “Verscheidene groepen hebben gen-expressie bestudeerd in perifeer bloed van patiënten met CVS […] We kennen echter de precieze gen-signatuur en de betrokken metabole mechansimen nog niet. […] Het zal belangrijk zijn te verzekeren dat eens een gen-signatuur geïdentificeerd is, deze specifiek is voor CVS en niet voorkomt bij andere ziekten en infekties.”.

Onderstaand artikel pretendeert dat er GEEN verschillen in gen-expressie zijn tussen chronisch vermoeiden en controles. Hoewel er in de vele publikaties door andere groepen daaromtrent nog niet één gen als specifieke CVS-merker kon worden aangeduid, is de bewering van dit team voorbarig. Zeker als men rekening houdt met de fouten die ze maken. Lees daarom ook de commentaren van andere wetenschappers op dit vlak…

Ook dit is wetenschap: discussie en (her-)evaluatie!

Zoals in de kritieken op dit artikel werd aangegeven, zijn er wel meer publikaties dan die waarnaar hier wordt gerefereerd. Maar, inderdaad: een merker is (nog) niet aangeduid. Daarom werd er op deze paginas ook nog geen melding van gemaakt.

http://www.plosone.org

PLoS One. 2009 Jun 5;4(6):e5805

Gen-expressie in perifeer bloed leukocyten in monozygote tweelingen met en zonder chronische vermoeidheid: geen bewijs voor een biomerker

Byrnes A, Jacks A, Dahlman-Wright K, Evengard B, Wright FA, Pedersen NL, Sullivan PF

Department of Genetics, University of North Carolina at Chapel Hill, Chapel Hill, North Carolina, United States of America

ACHTERGROND: Chronische vermoeiende ziekte wordt nog steeds een slecht begrepen syndroom met ongekende pathogenese. We probeerden biomarkers hiervoor te identificeren d.m.v. ‘micro-chips’ om het transcriptoom [verzameling van alle boodschapper-RNA (mRNA) molekulen – ‘transcripten’ , tot expressie komende genen – geproduceerd in een cel of populatie van cellen] in perifeer bloed leukocyten te onderzzoeken.

METHODEN: De gevallen waren 44 individuen die klinisch werden geëvalueerd en bleken te voldoen aan de standaard internationale criteria voor Chronische Vermoeidheid Syndroom of idiopathische chronische vermoeidheid, en de controles waren hun monozygote [‘ééneiïge’] tweeling-helften die klinisch werden geëvalueerd en nooit, zelfs niet één maand invaliderende vermoeidheid hadden. De omstandigheden voor de biologische staalname waren gestandardiseerd en RNA-stabiliserende media werden gebruikt. Deze methodologische kenmerken bieden rigoureuze controle voor bias […] en experimentele fouten. Individuele gen-expressie profielen werden beoordeeld met ‘Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0’ chips.

BEVINDINGEN: Er waren geen significante verschillen qua gen-expressie voor om het even welk transcript.

BESLUITEN: In tegenstelling tot onze verwachtingen, konden we geen biomerker voor chronische vermoeiende ziekte in het transcriptoom van perifeer bloed leukocyten identificeren; wat suggereert dat positieve bevindingen in vroegere studies wellicht het resultaat zijn van experimentele bias.

Inleiding

[…] De beschikbaarheid van een biomerker voor CVS zou van bijzonder nut zijn voor klinisch en fundamenteel onderzoek.

Gen-expressie studies met perifeer bloed leukocyten (PBLs) zijn een potentieel veelbelovende bron voor biomerkers voor CVS. PBLs zijn makkelijk verkrijgbaar en van belang voor CVS gezien de prominentie van immuniteit- en infektie-theorieën. Bovendien zijn gen-expressie patronen in menselijke PBLs niet ongerelateerd met minder toegankelijke weefsels zoals de hersenen. We hebben weet van vier gepubliceerde niet-overlappende studies die gen-expressie in PBLs vergelijken bij gevallen met CVS en controles [***]. Deze kleine studies omvatten totaal slechts 45 gevallen (5, 7, 8 en 25) en van de 108 transcripten waarvan werd gerapporteerd dat ze een gewijzigde expressie hebben, was slechts één enkel transcript veranderd in meer dan één studie (MSN, moesin) [‘membrane-organizing extension spike protein’, lid van een familie proteïnen die blijkbaar werken als cross-linkers tussen plasma-membranen en actine-cytoskeleton, ze  zijn betrokken bij signalisering-mechanismen; moesin blijkt cruciaal te zijn bij T-cel aktivatie].

Gezien het gebrek aan duidelijkheid bij de bestaande studies bij CVS, ondernamen we een ‘onbevooroordeelde’ zoektocht over het ganse transcriptoom naar veranderingen qua gen-expressie geassocieerd met PBLs bij CVS. Onze studie had twee opmerkenswaardige ontwerp-kenmerken. Ten eerste: we gebruikten een controle-groep die optimaal is voor het detekteren van wijzigingen in status-gerelateerde gen-expressie en minimaliseerden vals-positieve resultaten te wijten aan genetische mis-matching tussen gevallen en controles aangezien we 44 individuen met klinisch geëvalueerde chronische vermoeiende ziekte tegenover hun 44 onaangetaste monozygote tweeling-helften stelden. Gebruik van strikt tegenstrijdige, monozygote tweelingen geeft de beste controle qua genetische achtergrond die momenteel mogelijk is bij mensen en laat gepaarde statistische testen met een grotere statistische kracht toe. Ten tweede: we standardiseerden zorgvuldig de staalname-condities zodat de PBL-stalen werden afgenomen in RNA-stabiliserende media en op dezelfde tijd en plaats voor beide tweeling-helften.

Materialen en Methoden

[…]

We screenden ca. 61.000 individuele tweelingen uit het Zweeds Tweelingen Register op de symptomen van vermoeiende ziekte. […] CVS screening-vragen identificeerden 140 paar tweelingen die voldeden aan preliminaire inclusie-criteria: […] tegenstrijdigheid voor chronische vermoeiende ziekte (d.i. één tweeling rapporteerde substantiële vermoeidheid en de andere tweeling was klaarblijkelijk gezond). Via een telefonisch interview beoordeelden we de geschiktheid voor deelname. Tweelingen die geschikt bleken, werden gedurende een halve dag klinisch geëvalueerd door een speciaal getrainde arts. Daarbij werd een op CVS gericht medisch onderzoek uitgevoerd met inbegrip van een gestandardiseerde anamnese, fysiek onderzoek en biochemische, hormonale en haematologische screening overeenkomstig internationale aanbevelingen.

[…] Na uitsluiting van 83 tweelingen-paren, woonden 57 paar de klinische evaluatie-sessies bij: 10 paar bleken niet aan de inclusie-criteria te voldoen. […] Zygositeit werd bevestigd d.m.v. genotypering van 46 ‘single nucleotide’ polymorfismen. [DNA-onderzoek waarbij SNPs – kleine wijzigingen van slechts één bouwsteentje worden vergeleken]

Het analyse-staal bestond uit 44 paar of strikt tegenstrijdige en genetisch bewezen monozygote tweelingen. De definitie van verschil was: één tweeling voldoet aan criteria voor idiopathische chronische vermoeidheid (ICF, 12 paar) of CVS (32 paar) [Fukuda] en de co-tweeling had nooit invaliderende ongewone vermoeidheid of moeheid van langer dan een maand gehad. Alle aangetaste tweelingen moesten dus aktuele, langdurige (≥6 maand), medisch onverklaarde vermoeidheid geassocieerd met substantiële stoornis qua sociaal en beroepsmatig funktioneren hebben en de niet-aangetaste co-tweelingen waren effektief gezond. Een diagnose van CVS vergt bijkomend ≥4 van 8 specifieke symptomen (bv. niet-verfrissende slaap, spier-pijn) naast die van ICF. We legden eerder al de rationale uit voor de inclusie van ICF samen met CVS op basis van fenotypische [Sullivan PF, Jacks A, Pedersen NL, Evengard B. ‘Chronic fatigue in a population sample: definitions & heterogeneity’. Psychologal Medicine 35(2005): 1337-1348] en tweelingen-analyses [Sullivan PF, Evengard B, Jacks A, Pedersen NL. ‘Twin analyses of chronic fatigue in a Swedish national sample’. Psychol Med 35(2005): 1327-1336].

[Wat betreft deze rationale: Deze auteurs hebben het over het gebrek aan empirische ondersteuning voor de vereiste van vier van acht kardinale CVS-symptomen. Ze stelden eerder dat een “CVS-achtige ziekte” bestaat maar dat de dominante benadering enkel variaties op bevolkingsniveau weergeeft. Ze suggereerden dat een meer “spaarzame” definitie moet worden betracht… Dit weerspiegelt de ganse discussie van ‘splitters’ en ‘lumpers’ (het samenvoegen van CVS met andere chronisch vermoeiden). zie:Evaluatie van de CDC Empirische Definitievoor kritiek op deze aanpak.]

Voorbijgaande/situationele factoren kunnen metingen van gen-expressie beïnvloeden. Biologische staal-name werd gestandardiseerd door het bloed van beide tweeling-helften af te nemen op dezelfde plaats en tijd (ca. 09:00) na overnacht vasten. […] zonder acute ziekte of recente verslechtering. Het was niet praktisch noch ethisch om de individuen vrij van medicatie te bestuderen maar we stelden de beoordeling uit als er recent significante veranderingen qua dosis waren geweest.

[…]

Resultaten

[…]

De voornaamste analyse stelde gen-expressie in PBLs bij 44 monozygote tweelingen met CVS of ICF tegenover die van hun gezonde tweeling-helft. Aangezien inclusie van mannen de ‘ruis’ zou kunnen verhogen, vergeleek een tweede analyse 39 vrouwelijke tweelingen met CVS of ICF en een derde analyse vergeleek 28 vrouwelijke tweelingen met CVS. Voor elk van deze drie sets statistische vergelijkingen, weken de geobserveerde resultaten niet af van deze die worden verwacht door toevalligheid. Wanneer we onze bevindingen vergeleken met een lijst van 108 transcripten met een verschillende expressie bij CVS gerapporteerd in eerdere studies, waren er 107 die ook in ons experiment werden bestudeerd, 101/107 hadden p>0.1 [niet significant] in onze studie en slechts twee hadden p<0.05 (CXCR4 p=0.03 en RAP2C p=0.04) [p staat voor ‘probalilty’, een maat voor statische significantie]. Op het niveau van alleenstaande transcripten, was er geen biologisch bewijs voor gewijzigde gen-expressie in PBLs dat correleerde met chronische, invaliderende en medische onverklaarde vermoeiende ziekte. Ter verificatie gebruikten we qRT-PCR [kwalitatieve Reverse Transcriptase PCR; techniek om kleine hoeveelheden mRNA te detekteren] om de expressie te bepalen van zeven genen geselekteerd uit de CVS gen-expressie literatuur en onze empirische bevindingen (ANKLE2, BLKE, BRD1, CPA3, DCTN1, ICAM en ORC). Alle p-waarden van gepaarde t-testen die zieke en gezonde monozygote tweelingen tegen over elkaar stelden waren ≥0.26 [niet significant].

Het is mogelijk dat funktioneel-gerelateerde genen belangrijke gen-expressie veranderingen per set vertonen zonder dat een individueel transcript voldoet aan de criteria voor significantie. Hypothese-genererende analyses […] reveleerden significante verschillen in cel-replicatie processen en aminozuur en lipiden metabole mechanismen. Deze resultaten verwijzen niet direct naar de huidige theorieën voor CVS-pathogenese […].

Bespreking

Belangrijkste bevinding

Het overkoepelende doel van deze studie was te proberen één of meerdere biomerkers te identificeren voor chronische vermoeiende ziekte via een uitvoerig onderzoek van het transcriptoom in een toegankelijk weefsel (perifeer bloed leukocyten, PBLs) die mogelijks betrokken zijn bij de pathofysiologie van dit idiopathisch [onbekende oorzaak] syndroom. We poogden methodologische kwesties in eerdere rapporten te corrigeren door zorgvuldig te controleren op bronnen van mogelijke bias (bv. door het bestuderen van tegenstrijdige monozygote tweelingen-paren, het gebruik van RNA-stabiliserende media en gestandardiseerde staalname-condities). We vonden geen bewijs voor verschillen qua gen-expressie in PBL die de aan- of afwezigheid van CVS of ICF zouden kenmerken. Daarom, in tegenstelling tot de meeste eerder gepubliceerde studies, vonden we geen bewijs voor een gen-expressie biomarker voor chronische vermoeiende ziekte.

Methodologische kwestie: genetische overeenkomsten in gen-expressie studies

Deze resultaten kunnen een les inhouden voor ‘case-control’ gen-expressie studies bij mensen. Er zijn zeker voorbeelden waarbij transcriptoom-studies resultaten hebben opgeleverd die het potentieel hebben om de prognose en het management van een ziekte te verbeteren (bv. borst-kanker); gen-expressie studies hebben echter het potentieel vals positieve bevindingen op te leveren als de afstamming van de gevallen en controles niet op een passende manier zijn gematcht. Genetische achtergrond wordt normaal gezien niet in overweging genomen hoewel gen-expressie én erfelijk kan zijn én onder strikte genetische controle kan staan. Studies met relatief lage resolutie in onsterfelijk gemaakte PBLs suggereren dat honderden menselijke genen onder relatief sterke genetische controle staan van courante genetische varianten […]. Als gevallen en controles niet extreem goed gematcht zijn voor genetische achtergrond (inclusief voor ligging in Europa) zouden sterk significante verschillen kunnen worden genoteerd omwille van bias door het ongeschikt matchen van gevallen en controles. Deze bezorgdheid is bijzonder belangrijk voor studies met PBLs aangezien genen waarvan de expressie onder strenge genetische controle staat, sterk zijn aangerijkt qua genen die tot expressie komen in lymfe-weefsel en lymfocyten-populaties […].

Gebruik van discordante monozygote tweelingen vertegenwoordigt op dit moment de beste controle voor genetische achtergrond die mogelijk is bij mensen. Uitgaande van het feit dat er identificatie op DNA-niveau en controle voor experimentele bias is, kunnen gen-expressie verschillen in niet overéénstemmende monozygote tweelingen netjes aan de ziekte-toestand worden toegeschreven. […] Gebruik van tegenstrijdige monozygote tweelingen levert beter interpreteerbare resultaten op, bijzonderlijk omdat er grote aantallen niet-causale loci onder genetische controle zijn. We zouden ook moeten argumenteren dat een gen-expressie studie een slechte manier is om genetische loci, oorzakelijk voor een ziekte, te identificeren als een alternatief studie-ontwerp (de ‘genome-wide association study’)

[Onderzoek van genetische variatie over gans het genoom, ontworpen om genetisch verbanden met observeerbare eigenschappen te identificeren. Het ‘Human Genome Project’ maakte het mogelijk om de genetische bijdragen te vinden voor ziekten en stalen te analyseren voor genetische variaties die bijdragen tot hun aanvang.] zo succesvol is geweest.

Besluiten

We waren niet in staat een biomerker te identificeren voor chronische vermoeiende ziekte in het transcriptoom van perifeer bloed leukocyten; wat suggereert dat de positieve bevindingen in eerdere studies het resultaat zou kunnen zijn geweest van experimentele bias.

————————-

Volgens de auteurs de enige meldingen van positieve resultaten betreffende gen-expressie profielen/sub-types bij CVS???!!!… Merk op: kleine groepen en verschillende methodologie.

Vernon SD, Unger ER, Dimulescu IM, Rajeevan M, Reeves WC. ‘Utility of the blood for gene-expression profiling and biomarker-discovery in Chronic Fatigue Syndrome’. Dis Markers. 2002;18:193-199

Acht genen kwamen verschillend tot expressie [1.764 genen op filter-arrays met RNA uit PBMCs] in een gevallen-controle-analyse (gematcht voor leeftijd) én bij vergelijking van alle CVS-gevallen [n = 5] met alle controles. Meerdere van die genen zijn geassocieerd met immunologische funkties (bv. CMRF35 antigen [cel-membraan antigen betrokken bij de interaktie tussen T-cellen], IL-8, HD proteïne [‘Huntingdon Disease’ eiwit, wellich teen link met neurologische schade zoals Alzheimer’s en Parkinson’s]) en impliceren immuun-dysfunktie bij de pathophysiologie van CVS.

Powell R, Ren J, Lewith G, Barclay W, Holgate S et al. ‘Identification of novel expressed sequences, up-regulated in the leucocytes of Chronic Fatigue Syndrome patients’. Clin Exp Allergy. 2003;33:1450-1456

“Twaalf korte sequenties met over-expressie werden geïdentificeerd in lymfocyten van CVS-patiënten [n = 7]. Twee ervan corresponderen met cathepsine-C en MAIL1 – genen met gekende upregulering in geaktiveerde lymfocyten. Bijkomend bewijs voor het idee dat CVS een ziekte is die wordt gekenmerkt door subtiele veranderingen in het immuun-systeem.”

Grans H, Nilsson P, Evengard B. ‘Gene-expression profiling in the Chronic Fatigue Syndrome’. J Intern Med. 2005;258:388-390

“We vonden geen aanwijzingen voor verschillende expressie tussen de ganse patiënten-groep [n = 20] en de controle-groep. […] Verdere analyses werden uitgevoerd bij enkel de vrouwelijke studie-deelnemers. […] Significante verschillen qua gen-aktiviteit werd gedetekteerd voor drie genen (CD83 [funktionele rol in het immuunsysteem], BOLA1 [enzyme betrokken bij de synthesie van nicotinamide] en NRK1 [funktie onbekend]).”

Kerr JR, Petty R, Burke B, Gough J, Fear D et al. ‘Gene-expression subtypes in patients with Chronic Fatigue Syndrome / Myalgic Encephalomyelitis’. J Infect Dis. 2008;197:1171-1184

“… differentiële expressie van 88 genen bij M.E(cvs). …12 genen ge-upreguleerd die elders ook ge-upreguleerd bleken, direct of indirect, bij EBV-infektie: NF-KB1, EGR1, ETS1, GABPA, CREBBP, CXCR4, EBI2, HIF1A, JAK1, IL6R, IL7R en PIK3R1.”

*************************

Commentaren

Dr Jonathan Kerr (St George’s University of London) 08 juli 2009

Dit artikel beschrijft een kleine studie (totaal of 28 CVS-patiënten en 28 controles) en besluit dat gen-expressie in PBL niet nuttig is voor het vinden van een biomerker voor CVS. Er zijn echter meerdere zwakheden en enkele onverenigbare aspekten aan deze studie.

De patiënten werden geïdentificeerd via screening van symptomen en daaropvolgende klinische beoordeling. Maar er werd niet gemeld hoeveel van de 28 CVS-patiënten voorheen de diagnose van CVS hadden gekregen. Deze recrutering-strategie zal een verschillende populatie identificeren dan de studies die focussen op patiënten met een voorafgaande diagnose van CVS die een CVS-kliniek bezoeken.

Daarenboven is de opname van patiënten met ‘idiopathische chronische vermoeidheid slechts vulling (vermoedelijk was het moeilijk om aan een voldoende aantal te komen), aangezien deze diagnose (ICF) er niet één is die formeel wordt erkend. De titel bevat ook de formele diagnose ‘Chronische Vermoeidheid Syndroom’ niet maar ‘chronische vermoeidheid’, waarvoor geen diagnostische criteria werden vermeld in het artikel.

Er wordt gemeld dat nadat micro-chip bevindingen negatief bleken, de auteurs probeerden om 7 eerder gerapporteerde met CVS geassocieerde genen te bevestigen via ‘real-time’ PCR met 18S-rRNA als endogene controle. We hebben echter gevonden dat 18S-rRNA statisch significant verschillend tot expressie komt bij CVS-patiënten en normale bloed-donoren (ongepubliceerd). Dus is dit geen bruikbaar endogeen controle-gen en zal het misleidende resultaten geven in deze context. Wij gebruikten in onze studies in plaats daarvan GAPDH, dat niet verschilt tussen CVS- en normale populates (Kaushik et al. 2005; Kerr et al. 2008); Powell et al. 2003 gebruikten ook GAPDH.

De auteurs melden dat het gen MSN (moesin) het enige is tot op heden dat gemeenschappelijk werd gevonden bij CVS gen-studies (dit is niet correct – wat te zeggen over PRKARIA, EIF4G1, EGR1, CXCR4, enz.); dit gen, MSN, werd als eerste geïdentificeerd door Powell en bevestigs door Kaushik en Kerr, gebruikmakend van PCR, bij een totaal van 62 CVS-patiënten en >100 normale controles (gecombineerde individuen van deze studies). Dus zou dit zeker een ideaal gen zijn geweest om te testen en ev. als biomerker te weerleggen, gezien zijn achtergrond en PCR-bevestiging. Daarnaast rapporteerden we 88 menselijke genen via micro-chips en PCR (Kerr et al. 2008); 16 daarvan werden eerder geïdentificeerd in een afzonderlijke studie via micro-chips en PCR (Kaushik et al. 2005). Maar in plaats daarvan kozen de auteurs 7 genen geïdentificeerd in een kleine studie die 8 CVS-gevallen en 7 normalen omvatte (Gow et al. 2009), en dit enkel via micro-chips zonder PCR bevestiging, waarbij 366 genen werden geïdentificeerd. Waarom gebruikten de auteurs niet de identieke PCRs en endogene controles uit eerdere studies om eventueel bevestigde CVS gen-merkers, zoals MSN en om het even welke van de 87 andere te weerleggen? Dit is duidelijke bevooroordeling wat betreft gen-selektie.

De grootste zwakte in het artikel is dat de SF36 [vragenlijst peilend naar lichamelijke pijn, algemene gezondheid, vitaliteit, sociaal funktioneren] -scores van de patiënten versus controles niet bijzonder verschillend waren. Het ziet er naar uit dat de patiënten lage SF36-scores hadden maar de ‘normale’ controles vertoonden scores die deze van de patiënten benaderden en zelfs overlapten! De SF36 fysieke funktie was 41,2 (bereik 28-48) voor CVS en 48,2 (bereik 40-52) voor normalen. Om de selektie van hun gevallen te ondersteunen, zou een [statistische] t-test nuttig geweest zijn maar ik vermoed dat dit zou hebben aangetoond dat deze 2 populaties niet statistisch verschillend waren, gebaseerd op deze scores. Deze SF36-resultaten zijn erg problematisch en zijn niet overtuigend voor het feit dat de fenotypes [het geheel van alle waarneembare eigenschappen (kenmerken) van een organisme] van deze 2 populaties significant verschillen.

Waarom publiceerden de auteurs niet de volledige SF36-score in al zijn domeinen en niet enkel de fysieke en mentale funktie. De totale score is de meest nuttige en zou duidelijk het globaal funktioneren van de individuen hebben aangetoond, en zou een vergelijking van de funktionaliteit tussen gevallen en controles hebben makkelijker gemaakt. In onze studies, waren de gemiddelde SF36 totale scores <50 voor CVS en >80 voor controles, een weerspiegeling van afzonderlijke fenotypes. We gebruikten ook neurocognitieve funktie-testen (Cantab software), die ook de defekten van de CVS-patiënten bevestigden (Kerr et al. 2008).

Er zijn zoveel zwakheden aan deze studie dat de resultaten niet betrouwbaar kunnen worden geïnterpreteerd.

Dr Suzanne Vernon (CFIDS Association of America) 06 juli 2009

De studie van gen-expressie bij tweelingen is inderdaad een unieke en belangrijke kans om status-gerelateerde gen-expressie te detekteren. Het is onfortuinlijk dat de auteurs niet dezelfde stiptheid hanteerden in het laboratorium en qua methodologie als voor de selektie van de studie-populatie. Deze fouten, bovenop de overdrijvingen/ verkeerde voorstellingen moeten onder de aandacht van de lezer worden gebracht.

De inleiding geeft vier niet-overlappende studies over gen-expressie bij CVS aan. Een zoekopdracht voor ‘gene-expression’ en ‘Chronic Fatigue Syndrome’ in PubMed levert meer dan 50 publikaties op waarvan ten minste 10 niet-overlappende studies.

Bij de methodologie, gooien de auteurs CVS en ICF op één hoop [‘to lump’; vandaar ‘lumpers’] en negeren daardoor alle gepubliceerd bewijsmateriaal (uitgezonderd hun eigen) dat aantoont dat CVS klinisch en biologisch kan worden onderscheiden van ICF. De auteurs overwegen niet de uitdagingen gen-expressie te vergelijken tussen verschillende testen en berekening-technieken. Wellicht de meest ongehoord fout in deze publikatie is de vergelijking van gen-expressie in vol bloed met gen-expressie in perifeer bloed mononucleaire cellen. Veel voorkomende transcripten (bv. globine) zijn gekend om hun interferentie met gen-expressie. Er werd aangetoond dat de overvloed aan globine-genen in vol bloed de onderligggende biologische verschillen tussen stalen vol bloed van hetzelfde individu kan maskeren. Maskering van differentieel tot expressie komende genen bij de discordante tweelingen in deze studie is de waarschijnlijke verklaring voor het gebrek aan significante bevindingen in dit artikel, in plaats van het gebrek aan verschillende gen-aktiviteit. Het is opmerkelijk dat de auteurs dit gegeven niet in acht namen gezien het feit dat meer dan 50 artikels differentiële gen-expressie bij CVS hebben beschreven.

De auteurs wijten hun gebrek aan significante bevindingen aan experimentele bevooroordeling van andere onderzoekers terwijl het er, in feite, op lijkt dat hun eigen methodologische fouten en bias zijn die aanleiding geven tot hun onverwachte resultaten. Werd dit artikel haastig geschreven? Bovenop de eerder vermelde kwesties, staan er verscheidene typografische fouten in de bespreking, waardoor men zich gaat afvragen hoeveel aandacht de auteurs eigenlijk schonken bij het publiceren van dergelijke gebrekkige resultaten.

*************************

In een persoonlijke communicatie beschrijft Prof. Martin Pall (Professor of Biochemistry and Basic Medical Sciences, Washington State University, USA) nog enkele extra mogelijkheden:

Dit is een interessant artikel maar de interpretatie ervan is onduidelijk, omwille van meerdere redenen. Er zijn zowat acht verschillende studies die rapporteerden dat gen-expressie bij M.E.(cvs)-patiënten verschillend is van die van normale controles. En deze studies rapporteerden dat enkele wijzigingen qua gen-expressie, met betrekking tot genen die in verband staan met funkties die compleet verschillende types bewijs vormen, geïmpliceerd zijn bij M.E.(cvs). Deze omvatten bv. genen betrokken bij mitochondriale funktie en genen betrokken bij inflammatoire responsen.

Deze studie gebeurde bij paren identieke (monozygote) tweelingen waarbij één tweeling-helft ziek was en de andere niet. Deze studie is dus beter dan de andere studies in de zin dat er werd gecontroleerd qua exacte genetica. Deze studie was echter relatief klein. Daarenboven waren er bij de 44 tweeling-paren, 12 paren waarvan de zieke tweeling-helft ‘idiopathische chronische vermoeidheid’ had en bij de andere 32 was de M.E.(cvs) van de aangestaste tweeling-helft gebaseerd op de Fukuda criteria. Dit mengen van de groepen zou problematisch kunnen zijn als de gen-expressie patronen verschillend zijn bij de beide.

De eind-conclusie is dat ze niet in staat waren enige statistisch significante veranderingen qua gen-expressie te vinden bij de vergelijking van zieke tweeling-helften met gezonde.

Het gebruik van gepaarde identieke tweelingen is duidelijk een sterk punt van deze studie. Het mixen van twee verschillende types vermoeidheid is in mijn opinie een zwakte en het is mogelijk dat een grotere studie nodig is, één waarbij M.E.(cvs)-patiënten  worden bestudeerd.

Anderzijds suggereren de auteurs enkele mogelijke interpretaties voor het schijnbare verschil van deze studie in vergelijking met de andere. Eén mogelijke interpretatie is dat de ethniciteit van de controles en de zieke individuen in de andere studies onvoldoende [afgestemd] was; wat leidt tot verschillen qua gen-expressie die niets te maken hebben met de oorzaak van M.E.(cvs). Ik betwijfel dit ten zeerste omdat de gen-expressie wijzigingen in de eerdere studies duidelijk gerelateerd zijn met wat we weten over de veranderingen die voorkomen bij M.E.(cvs)-patiënten.

Er is een tweede mogelijke verklaring, één die heel interessant is. Het is mogelijk dat er genetisch bepaalde veranderingen qua gen-expressie zijn die voorkomen bij veel M.E.(cvs)-patiënten maar dat de wijziging qua gen-expressie gelinkt is met veranderingen die hen eenvoudigweg meer vatbaar maken om M.E.(cvs) te krijgen. In dit geval zouden gepaarde monozygote tweelingen geen verschillen tonen qua gen-expressie, maar willekeurige M.E.(cvs)-patiënten zouden verschillen van controles. Deze verschillen zouden voorafgaan aan het krijgen van M.E.(cvs). Dit zou werkelijk interessant zijn omdat dan de verschillen qua gen-expressie ons iets zouden vertellen over de genetische controle van vatbaarheid voor de ziekte. In dit geval vertellen de eerder gepubliceerde wijzigingen qua gen-expressie ons nog steeds iets heel belangrijk over M.E.(cvs), alhoewel iets redelijk verschillend van wat de auteurs dachten te bestuderen.

Er zijn gepubliceerde studies die aantonen dat pro-inflammatoire allelen van cytokine-genen geassocieerd zijn met verhoogde incidentie van M.E.(cvs). En Boles en zijn collegas hebben bewijs gepubliceerd voor het feit dat het dragen van mutant mitochondriaal DNA mensen meer vatbaar maakt voor een brede waaier aan ziekten, inclusief M.E.(cvs). Dus heeft de hypothese die ik suggereerde ten minste een beetje experimentele ondersteuning, hoewel deze indirect is. Ik denk dat we, op dit punt, veel meer moeten te weten komen over de reproduceerbaarheid van de verscheidene types relevante data. En we moeten ook te weten komen of de verschillende research-groepen patiënten-populaties bestuderen met gelijkaardige ziekte-ernst. Iets dat is makkelijk duidelijk wordt bij ernstig aangetaste patiënten kan moeilijk te onderscheiden zijn in meer matig-aangetaste patiënten.

Mijn mening is dat het vergelijken van gen-expressie bij M.E.(cvs)-patiënten versus normale controles, of dat nu co-tweelingen of andere zijn, niet de manier is om een specifieke biomerker-test te ontwikkelen voor M.E.(cvs). Het meest specifieke symptoom van M.E.(cvs) is de zogenaamde post-exertionele malaise, waarbij inspanning het hele spectrum van symptomen die kenmerkend zijn voor M.E.(cvs)-patiënten upreguleert. Ik denk dat de zoektocht naar specifieke biomerker-testen zou moeten focussen op specifieke responsen op inspanning, responsen waar M.E.(cvs)-patiënten verschillen van normale controles.

Geef een reactie »

Nog geen reacties

RSS feed for comments on this post. TrackBack URI

Geef een reactie

Vul je gegevens in of klik op een icoon om in te loggen.

WordPress.com logo

Je reageert onder je WordPress.com account. Log uit / Bijwerken )

Twitter-afbeelding

Je reageert onder je Twitter account. Log uit / Bijwerken )

Facebook foto

Je reageert onder je Facebook account. Log uit / Bijwerken )

Google+ photo

Je reageert onder je Google+ account. Log uit / Bijwerken )

Verbinden met %s

Maak een gratis website of blog op WordPress.com.

%d bloggers op de volgende wijze: